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luoyiwei

金虫 (小有名气)

[求助] 关于分子模拟中建模的初级问题

我用materials studio建立聚合物模型的时候,用到了软件提供的分子链数据库,但是需要输入链长、条数等参数,我想问大神们建模的时候是需要按照实际分子的聚合度去设定链长吗?条数越多越接近实际情况吗?(所建立的晶胞尺寸会随着链长和条数变化)。如果聚合度上千的话建出来岂不是很大?曾经请教过这方面的牛人,他们说聚合物分子链链长一般只要30左右,条数5条左右就可以,建模的晶胞是连续的,所以分子链也是连续的,这种说法对吗?我知道建模越复杂,运算速度越慢,但是如果不按分子的原有链段信息建模的话,会不会造成最后结果的很大误差?
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luoyiwei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-06 14:48:47
看了很多文章,确实大家都是只是把链长设置在100以内,链条数也不是太大,不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA,实际的分子量大概有几十万,你建模的时候怎么可能建立这么大的体系!大部分人只是在链段控制在几十 ...

再请问一下,计算机配置是不是很影响模拟速度?我的电脑是可怜的酷睿双核E5500,2.8GHz主频,2G内存,曾经做过一个模拟退火,好几天都算不出来结果,还有一次做NPT动力学,模拟200ps,也用了24个小时,请问如果我换成时下比较快的计算机i7处理器,是不是对模拟时间有很大的加速?
5楼2013-05-07 15:12:44
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看了很多文章,确实大家都是只是把链长设置在100以内,链条数也不是太大,不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA,实际的分子量大概有几十万,你建模的时候怎么可能建立这么大的体系!大部分人只是在链段控制在几十或者几百之间。体系的尺寸也不过数十A。
你提到的请教这方面的牛人说的这个原因,我不敢苟同。周期性的边界条件确实在一定程度上能够减少这种仿真与实际的误差,但不能说晶胞是连续的所以分子链也是连续的...个人观点。
如果楼主有什么更加合理的解释,不防拿来一起分享。
人生第一个五年规划,加油咯
2楼2013-05-06 14:48:47
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luoyiwei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-06 14:48:47
看了很多文章,确实大家都是只是把链长设置在100以内,链条数也不是太大,不然体系太大运算速率很慢。比如说PMMA,实际的分子量大概有几十万,你建模的时候怎么可能建立这么大的体系!大部分人只是在链段控制在几十 ...

我也持怀疑态度,既然建模的时候不可能做到和实际情况一样,所以我觉得分子模拟的结果只能接近实验结果,而不能准确反映实际情况。
3楼2013-05-06 21:25:07
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建模的时候的确可以把分子链建成连续的(也就是无限长),那个牛人没有说错
不过Ms怎么弄我不知道。。我只会弄NAMD
4楼2013-05-07 00:31:09
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