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yida

木虫 (小有名气)

[求助] MS Discover 动力学求助 已有1人参与

我做小分子在水体系中对金属表面的吸附模型，如下图，建好模型结构优化后进行了2ns 的NVT后进行了5ns的NVE，但是NVE任务失败，能量波动阈值采取默认5000，提示能量波动过大。
有以下问题请高手解惑：
体系建的正确的话是不是NVT NVE NPT系综都能运行？也就是说采用以上三种模型优化失败的话就是模型有问题？
为什么结构优化后进行NPT，立马就出错误信息，说能量波动值太大，这是什么原因？

模型.jpg



2ns NVT E-t.jpg



2ns NVT T-t.jpg



5ns NVE E-t.jpg



5ns NVE T-t.jpg
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1楼 2013-04-19 09:49:44
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 曾一晚 at 2013-04-19 11:19:13
温度肯定是会一直波动的，只是波动范围大小不同而已，所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的：分子动力学模拟是先确定一个温度，然后根据动能的关系来计算分子的速度，最后潜在的是速度平衡； ...

非常感谢，具体如何判断能否举个例子？还有就是能不能讲点有关npt的知识？我将感激不尽
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8楼2013-04-19 18:45:33
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曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:24:21
不一定是模型问题，也有可能是温控、压控算法问题，可以换个算法试试。
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2楼2013-04-19 10:19:27
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:52:01
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些，也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000，这个要改一下， 加大十来倍（但估计这个改动对你的模型意义不大）你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方法，通过控制温度变化范围，使温度收敛。具体是Velocity scale method、还是Nosé and Andersen methods、Berendsen method，自己琢磨下help文件。希望这些能帮到你。
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人生第一个五年规划，加油咯
3楼2013-04-19 10:24:00
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sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-04-19 10:52:08
MS的discover模块的NPT就是不好跑的，一般体系要先稳定一些才能跑NPT，不然就出错，你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT
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4楼2013-04-19 10:25:36
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