24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2839  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yida

木虫 (小有名气)

[求助] MS Discover 动力学求助 已有1人参与

我做小分子在水体系中对金属表面的吸附模型,如下图,建好模型结构优化后进行了2ns 的NVT后进行了5ns的NVE,但是NVE任务失败,能量波动阈值采取默认5000,提示能量波动过大。
有以下问题请高手解惑:
体系建的正确的话是不是NVT NVE NPT系综都能运行?也就是说采用以上三种模型优化失败的话就是模型有问题?
为什么结构优化后进行NPT,立马就出错误信息,说能量波动值太大,这是什么原因?

模型.jpg



2ns NVT E-t.jpg



2ns NVT T-t.jpg



5ns NVE E-t.jpg



5ns NVE T-t.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yida: 金币+2, 有帮助 2013-04-19 10:52:08
MS的discover模块的NPT就是不好跑的,一般体系要先稳定一些才能跑NPT,不然就出错,你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT
4楼2013-04-19 10:25:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:24:21
不一定是模型问题,也有可能是温控、压控算法问题,可以换个算法试试。
2楼2013-04-19 10:19:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:52:01
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些,也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000,这个要改一下, 加大十来倍(但估计这个改动对你的模型意义不大)你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方法,通过控制温度变化范围,使温度收敛。具体是Velocity scale method、还是Nosé and Andersen methods、Berendsen method,自己琢磨下help文件。希望这些能帮到你。
人生第一个五年规划,加油咯
3楼2013-04-19 10:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-04-19 10:24:00
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些,也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000,这个要改一下, 加大十来倍(但估计这个改动对你的模型意义不大)你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方 ...

谢谢,我之前试过先跑NVT,把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT,但是收效甚微,你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧,我直接参考文献上的设置,选用的nose,还有个问题想请教下,最终体系平衡的标志是曲线平了,但是是不是温度到达到初始设置温度才能算体系达到平衡啊?
5楼2013-04-19 10:51:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +17 水星记infp 2026-04-05 20/1000 2026-04-07 19:06 by 无际的草原
[考研] 327求调剂 +4 Xxjc1107. 2026-04-06 5/250 2026-04-07 18:11 by 蓝云思雨
[考研] 生物工程求调剂 +13 喜欢还是不甘心 2026-04-05 13/650 2026-04-07 16:55 by Ecowxq666!
[考研] 调剂求助(生物与医药) +4 @6952 2026-04-06 4/200 2026-04-07 16:16 by 懒虫儿坤
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +13 努力奋斗112 2026-04-07 13/650 2026-04-07 15:04 by -迷了路啊路
[考研] 一志愿北京2,材料与化工308求调剂 +16 熊二想上岸 2026-04-04 17/850 2026-04-07 14:58 by BruceLiu320
[考研] 材料工程专业日语生求调剂 +7 111623 2026-04-07 7/350 2026-04-07 14:33 by 诗与自由
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 5/250 2026-04-07 09:46 by chongya
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 275求调剂 +16 waltzh 2026-04-01 16/800 2026-04-05 17:14 by Hdyxbekcb
[考研] 材料调剂 +18 一样YWY 2026-04-02 19/950 2026-04-04 22:14 by hemengdong
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 求材料调剂,一志愿郑州大学289分 +15 硕星赴 2026-04-03 15/750 2026-04-04 01:01 by userper
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 338求调剂 +4 zzz,,r 2026-04-03 4/200 2026-04-03 16:39 by lijunpoly
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 266求调剂 +3 08电气工程 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:05 by 1753564080
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 085600,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 一志愿厦门大学化学工程(专硕)-数二英二406分-求调剂 +5 厦大化工 2026-04-01 5/250 2026-04-02 10:03 by jp9609
信息提示
请填处理意见