应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS Discover 动力学求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 2834  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yida

木虫 (小有名气)

[求助] MS Discover 动力学求助 已有1人参与

我做小分子在水体系中对金属表面的吸附模型，如下图，建好模型结构优化后进行了2ns 的NVT后进行了5ns的NVE，但是NVE任务失败，能量波动阈值采取默认5000，提示能量波动过大。
有以下问题请高手解惑：
体系建的正确的话是不是NVT NVE NPT系综都能运行？也就是说采用以上三种模型优化失败的话就是模型有问题？
为什么结构优化后进行NPT，立马就出错误信息，说能量波动值太大，这是什么原因？

模型.jpg



2ns NVT E-t.jpg



2ns NVT T-t.jpg



5ns NVE E-t.jpg



5ns NVE T-t.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-19 09:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:24:21
不一定是模型问题，也有可能是温控、压控算法问题，可以换个算法试试。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-19 10:19:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:52:01
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些，也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000，这个要改一下， 加大十来倍（但估计这个改动对你的模型意义不大）你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方法，通过控制温度变化范围，使温度收敛。具体是Velocity scale method、还是Nosé and Andersen methods、Berendsen method，自己琢磨下help文件。希望这些能帮到你。
赞一下 回复此楼
人生第一个五年规划，加油咯
3楼2013-04-19 10:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-04-19 10:52:08
MS的discover模块的NPT就是不好跑的，一般体系要先稳定一些才能跑NPT，不然就出错，你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-19 10:25:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-04-19 10:24:00
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些，也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000，这个要改一下， 加大十来倍（但估计这个改动对你的模型意义不大）你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方 ...

谢谢，我之前试过先跑NVT，把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT，但是收效甚微，你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧，我直接参考文献上的设置，选用的nose，还有个问题想请教下，最终体系平衡的标志是曲线平了，但是是不是温度到达到初始设置温度才能算体系达到平衡啊？
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-19 10:51:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2013-04-19 10:25:36
MS的discover模块的NPT就是不好跑的，一般体系要先稳定一些才能跑NPT，不然就出错，你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT

谢谢
回复此楼
6楼2013-04-19 10:51:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 18:46:36
引用回帖:
5楼: Originally posted by yida at 2013-04-19 10:51:17
谢谢，我之前试过先跑NVT，把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT，但是收效甚微，你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧，我直接参考文献上的设置，选用的nose，还有个问题想请教下，最终体系平衡的标志是曲线平 ...

温度肯定是会一直波动的，只是波动范围大小不同而已，所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的：分子动力学模拟是先确定一个温度，然后根据动能的关系来计算分子的速度，最后潜在的是速度平衡；跑动力学的时候，在很短时间内，温度就平衡了，但是后续还要做很长时间模拟，具体到底平衡没有，还得自己根据结构自己判断。
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-19 11:19:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 曾一晚 at 2013-04-19 11:19:13
温度肯定是会一直波动的，只是波动范围大小不同而已，所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的：分子动力学模拟是先确定一个温度，然后根据动能的关系来计算分子的速度，最后潜在的是速度平衡； ...

非常感谢，具体如何判断能否举个例子？还有就是能不能讲点有关npt的知识？我将感激不尽
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-19 18:45:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjing1083

新虫 (小有名气)
请问楼主有没有画氢键的步骤呢？我是个外行，只是想利用MS模拟一下氢键的强度，麻烦你啦！
赞一下 回复此楼
9楼2015-01-13 18:33:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
yida(月只蓝代发): 金币+3, 感谢应助 2015-01-15 20:29:55
本帖内容被屏蔽
10楼2015-01-13 21:15:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yida 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物医药调剂｜SCI中科院三区一作+多项科研成果 +7 likangxing 2026-04-07 10/500 2026-04-07 17:09 by 孙俊俊
[考研] 调剂 +13 不逢春 2026-04-07 14/700 2026-04-07 17:05 by 一只xx浩
[考研] 一志愿北京化工085600 310分求调剂 +20 0856材料与化工3 2026-04-04 22/1100 2026-04-07 15:14 by 上岸快快
[考研] 288求调剂 +11 没有答案_ 2026-04-05 11/550 2026-04-07 14:35 by qlm5820
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-02 14/700 2026-04-07 12:52 by Sammy2
[考研] 0702物理学学硕299求调剂 +3 祁柒连 2026-04-06 3/150 2026-04-07 12:48 by 小木虫gyh
[考研] 求调剂 +12 熊二想上岸 2026-04-04 12/600 2026-04-07 12:07 by Sammy2
[考研] 349求调剂 +11 zwjjjjjj 2026-03-31 12/600 2026-04-06 21:27 by zwjjjjjj
[考研] 工科求调剂 +15 11ggg 2026-04-03 15/750 2026-04-05 16:24 by zzx2138
[考研] 材料调剂 +9 革微桂 2026-04-04 9/450 2026-04-05 08:27 by 544594351
[考研] 292求调剂 +11 2022080213 2026-04-04 13/650 2026-04-04 18:38 by macy2011
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 321求调剂 +17 y-yh 2026-04-01 20/1000 2026-04-03 12:57 by y-yh
[考研] 312 化工或制药调剂 +8 小小墨123 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:12 by zhouxiaoyu
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 材料专业求调剂 +10 月月鸟木 2026-04-01 10/500 2026-04-02 12:57 by wxiongid
[考研] 279求调剂 +7 莫xiao 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:05 by 客尔美德
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭