24小时热门版块排行榜    

查看: 2656  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yida

木虫 (小有名气)

[求助] MS Discover 动力学求助 已有1人参与

我做小分子在水体系中对金属表面的吸附模型,如下图,建好模型结构优化后进行了2ns 的NVT后进行了5ns的NVE,但是NVE任务失败,能量波动阈值采取默认5000,提示能量波动过大。
有以下问题请高手解惑:
体系建的正确的话是不是NVT NVE NPT系综都能运行?也就是说采用以上三种模型优化失败的话就是模型有问题?
为什么结构优化后进行NPT,立马就出错误信息,说能量波动值太大,这是什么原因?

模型.jpg



2ns NVT E-t.jpg



2ns NVT T-t.jpg



5ns NVE E-t.jpg



5ns NVE T-t.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-04-19 10:24:00
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些,也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000,这个要改一下, 加大十来倍(但估计这个改动对你的模型意义不大)你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方 ...

谢谢,我之前试过先跑NVT,把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT,但是收效甚微,你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧,我直接参考文献上的设置,选用的nose,还有个问题想请教下,最终体系平衡的标志是曲线平了,但是是不是温度到达到初始设置温度才能算体系达到平衡啊?
5楼2013-04-19 10:51:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2013-04-19 10:25:36
MS的discover模块的NPT就是不好跑的,一般体系要先稳定一些才能跑NPT,不然就出错,你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT

谢谢
6楼2013-04-19 10:51:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 曾一晚 at 2013-04-19 11:19:13
温度肯定是会一直波动的,只是波动范围大小不同而已,所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的:分子动力学模拟是先确定一个温度,然后根据动能的关系来计算分子的速度,最后潜在的是速度平衡; ...

非常感谢,具体如何判断能否举个例子?还有就是能不能讲点有关npt的知识?我将感激不尽
8楼2013-04-19 18:45:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yida 的主题更新
信息提示
请填处理意见