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yida

木虫 (小有名气)

[求助] MS Discover 动力学求助 已有1人参与

我做小分子在水体系中对金属表面的吸附模型，如下图，建好模型结构优化后进行了2ns 的NVT后进行了5ns的NVE，但是NVE任务失败，能量波动阈值采取默认5000，提示能量波动过大。
有以下问题请高手解惑：
体系建的正确的话是不是NVT NVE NPT系综都能运行？也就是说采用以上三种模型优化失败的话就是模型有问题？
为什么结构优化后进行NPT，立马就出错误信息，说能量波动值太大，这是什么原因？

模型.jpg



2ns NVT E-t.jpg



2ns NVT T-t.jpg



5ns NVE E-t.jpg



5ns NVE T-t.jpg
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1楼 2013-04-19 09:49:44
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曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:24:21
不一定是模型问题，也有可能是温控、压控算法问题，可以换个算法试试。
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2楼2013-04-19 10:19:27
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 10:52:01
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些，也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000，这个要改一下， 加大十来倍（但估计这个改动对你的模型意义不大）你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方法，通过控制温度变化范围，使温度收敛。具体是Velocity scale method、还是Nosé and Andersen methods、Berendsen method，自己琢磨下help文件。希望这些能帮到你。
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人生第一个五年规划，加油咯
3楼2013-04-19 10:24:00
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sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+2, ★有帮助 2013-04-19 10:52:08
MS的discover模块的NPT就是不好跑的，一般体系要先稳定一些才能跑NPT，不然就出错，你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT
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4楼2013-04-19 10:25:36
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-04-19 10:24:00
先跑NVT,在跑NPT 这样对系统的稳定性要好一些，也不容易报错

能量波动阈值采取默认5000，这个要改一下， 加大十来倍（但估计这个改动对你的模型意义不大）你的温度一下子直接上道了2500K ,这里可以尝试改变温控方 ...

谢谢，我之前试过先跑NVT，把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT，但是收效甚微，你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧，我直接参考文献上的设置，选用的nose，还有个问题想请教下，最终体系平衡的标志是曲线平了，但是是不是温度到达到初始设置温度才能算体系达到平衡啊？
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5楼2013-04-19 10:51:17
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2013-04-19 10:25:36
MS的discover模块的NPT就是不好跑的，一般体系要先稳定一些才能跑NPT，不然就出错，你可以先跑NVT让体系充分弛豫以后再NPT

谢谢
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6楼2013-04-19 10:51:34
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曾一晚

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yida: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-19 18:46:36
引用回帖:
5楼: Originally posted by yida at 2013-04-19 10:51:17
谢谢，我之前试过先跑NVT，把轨迹文件最后一帧提取出来后再跑NPT，但是收效甚微，你的意思是尝试改变下控温和控压方式是吧，我直接参考文献上的设置，选用的nose，还有个问题想请教下，最终体系平衡的标志是曲线平 ...

温度肯定是会一直波动的，只是波动范围大小不同而已，所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的：分子动力学模拟是先确定一个温度，然后根据动能的关系来计算分子的速度，最后潜在的是速度平衡；跑动力学的时候，在很短时间内，温度就平衡了，但是后续还要做很长时间模拟，具体到底平衡没有，还得自己根据结构自己判断。
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7楼2013-04-19 11:19:13
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 曾一晚 at 2013-04-19 11:19:13
温度肯定是会一直波动的，只是波动范围大小不同而已，所以说楼主说的那个标准是不一定准确的。下面是别人跟我说的：分子动力学模拟是先确定一个温度，然后根据动能的关系来计算分子的速度，最后潜在的是速度平衡； ...

非常感谢，具体如何判断能否举个例子？还有就是能不能讲点有关npt的知识？我将感激不尽
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8楼2013-04-19 18:45:33
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wangjing1083

新虫 (小有名气)
请问楼主有没有画氢键的步骤呢？我是个外行，只是想利用MS模拟一下氢键的强度，麻烦你啦！
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9楼2015-01-13 18:33:41
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njuedu007

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
yida(月只蓝代发): 金币+3, 感谢应助 2015-01-15 20:29:55
本帖内容被屏蔽
10楼2015-01-13 21:15:30
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