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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 公布的基因组没有这个基因的注释，而用其他软件发现了这个基因，如何？
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henghengyouyou

银虫 (正式写手)

[求助] 公布的基因组没有这个基因的注释，而用其他软件发现了这个基因，如何？

如题，本人在做定位，在（高粱基因组）区间内发现一段序列( around 60kb)没有预测注释基因。
但是其他文章提到过这个区间至少有三个基因，他用softberry预测的，我也同样预测到了。我用NCBI做blast，也没发现有相关的已报道EST数据，可能是做的人非常的少，也可能其他原因。
但是之前发表文章的那个人确实做了这几个基因的表达，存在表达，但是那人没有克隆做功能鉴定，可能这段序列比较复杂。
现在疑问了，这几个基因到底存在不？基因组数据库好像不太可靠啊（估计只能试验验证）。
这三个基因的同源性特别高，转录方向相同，三个基因的的上、下游序列也是相似性很高，并且基因间发现有LTR原件，三个基因外的相同位置都发现了正向重复序列。请问，基因被转座了基因本身会发生变异么？转座子可以带着基因直接转座到相邻位置进行duplication不？
谢谢！
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1楼 2013-03-29 21:45:36
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henghengyouyou

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wfmfj at 2013-03-30 21:25:02
楼主克隆的是什么基因？抗病基因？楼主说的情况很正常啊，基因组数据库不一定非常完整全面，特别像高粱这样的研究的相对较少的基因组。一些抗病相关基因都是串联排列的，有时十几个都有可能。这种情况下转座造成的可 ...

你说的对了，是抗病基因，基因组拼接数据有时不可全信，另外我拿基因组一段序列去blast基因组，结果却搜寻不到目的序列。
你说的有可能，但是这几个基因还存在几个碱基变异。
unequal crossover也可能导致重复序列，可能性很大，谢谢。
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3楼2013-03-31 00:36:01
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wfmfj

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
henghengyouyou: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-31 00:20:37
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-31 16:17:28
楼主克隆的是什么基因？抗病基因？楼主说的情况很正常啊，基因组数据库不一定非常完整全面，特别像高粱这样的研究的相对较少的基因组。一些抗病相关基因都是串联排列的，有时十几个都有可能。这种情况下转座造成的可能性较小，而应该是发生了unequal crossover造成的duplication。
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扣鼻屎的姿势很帅
2楼2013-03-30 21:25:02
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wfmfj

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by henghengyouyou at 2013-03-31 00:36:01
你说的对了，是抗病基因，基因组拼接数据有时不可全信，另外我拿基因组一段序列去blast基因组，结果却搜寻不到目的序列。
你说的有可能，但是这几个基因还存在几个碱基变异。
unequal crossover也可能导致重复序 ...

楼主我们可以认识一下吗？您是什么单位的？我也是做高粱的，呵呵，很难找到志同道合的。
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扣鼻屎的姿势很帅
4楼2013-03-31 12:20:13
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henghengyouyou

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wfmfj at 2013-03-31 12:20:13
楼主我们可以认识一下吗？您是什么单位的？我也是做高粱的，呵呵，很难找到志同道合的。...

我刚刚接触不久。我的Q56840817，加入详聊
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5楼2013-04-01 03:53:15
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