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王芳边疆

金虫 (正式写手)

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[求助] 如何设计简便引物？

大家好，最近在做粪便宏基因组学的研究。为研究粪便菌群多样性，需要将提取的总DNA进行PCR扩增。故此，想设计适合粪便菌群的简便引物。通过查询NCBI网站发现已有15381条宏基因组信息。我想请问各位大侠：我该如何从大量的信息（16S）中找到最为保守的序列，该如何使用最为保守的序列设计引物？谢谢您！

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温暖定格

1楼 2013-03-26 13:30:29

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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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王芳边疆: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-26 20:20:01

细菌多样性一般用16S保守序列就可以了，不需要兼并引物。你可以参考文献
Design and Evaluation of Useful Bacterium-Specific PCR Primers That Amplify Genes Coding for Bacterial 16S rRNA
如果是做宏基因组，肯定需要公司测序的，他们会推荐给你引物。

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2楼2013-03-26 15:42:30

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