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独月饮

新虫 (初入文坛)

[求助] 求解pcr 引物的设计

大家好，我想从酿酒酵母中克隆一个基因。我所用的菌株是没有测序的，我以网上的S288序列来设计引物，在该基因的CDS区前100bp和后100bp设计。这样可以吗？因为我担心不同菌株序列会不一样，这样克隆不出来。我应该怎么做。谢谢
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1楼 2013-03-23 17:24:42
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
独月饮: 金币+3, ★有帮助 2013-03-25 10:51:38
你可以搜你的菌所在的属+你要克隆的基因，这样再设计引物。
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2楼2013-03-23 20:26:58
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独月饮

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2013-03-23 20:26:58
你可以搜你的菌所在的属+你要克隆的基因，这样再设计引物。

我所用的菌株也是酿酒酵母的，他们是同一种，但是我在网上查了酿酒酵母的不同菌株之间的的序列同源性是40%到90%，我担心以网上的那个菌株的序列来设计引物不能克隆出我所用的菌株的目标基因。这应该怎么办呢
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3楼2013-03-24 09:31:05
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

设计引物只要你所要的那段基因首尾序列相似就可以了吧，可以设计简并引物，多设计几对，先做做，没准就出来了。我也不太懂，刚接触的，我的菌整个属就鉴定过两株，也在摸索阶段
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4楼2013-03-24 09:46:12
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d191675188

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以到网上搜和你同一属的成功案例，用人家的引物先试一下。我们曾经这样做过。实在不行就要测序了
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12345677654322
5楼2013-03-24 09:51:19
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独月饮

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2013-03-24 09:46:12
设计引物只要你所要的那段基因首尾序列相似就可以了吧，可以设计简并引物，多设计几对，先做做，没准就出来了。我也不太懂，刚接触的，我的菌整个属就鉴定过两株，也在摸索阶段

谢谢，我尝试一下简并引物
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6楼2013-03-24 09:56:55
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独月饮

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by d191675188 at 2013-03-24 09:51:19
你可以到网上搜和你同一属的成功案例，用人家的引物先试一下。我们曾经这样做过。实在不行就要测序了

好，谢谢
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7楼2013-03-24 09:57:51
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