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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » top文件格式问题
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)

[求助] top文件格式问题

我用www.paramchem.org/上面的top生成器生成了一片氧化石墨烯（1 piece.pdb）的top文件（附件中的1 piece.str）。这个str用psfgen生成1 piece.pdb的psf文件的时候出现的问题是too many arguments。请问那个str文件的格式应该做怎样的修改。
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  • 附件 1 : 1piece.pdb
    • 2013-03-04 10:14:23, 11.22 K
  • 附件 2 : 1piece.str
    • 2013-03-04 10:14:32, 12.79 K

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1楼 2013-03-04 10:15:29
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qianxiong

铜虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-07 09:00:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-03-06 09:29:11
有可能是名字太长。我没有去改原子类型。就是在tcl 中输入了 package require psfgen      topology 1 piece.str.  那我是不是应该先把原子类型名称改成短的。生成psf之后再改成genff力场的标准原子类型就可以了？...

原子类型名只是名字，我觉得你将genffl力场的名字缩短改写就行了，只要不与charmm力场的其它的重名就好了。你用NAMD跑得话，它对原子类型名还是会有限制
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戒微博
4楼2013-03-06 15:37:51
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-03-06 09:29:31
你没有提供具体的操作，可能是piece.str 中的原子类型名太长（psfgen有限制）
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戒微博
2楼2013-03-06 08:41:56
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2013-03-06 08:41:56
你没有提供具体的操作，可能是piece.str 中的原子类型名太长（psfgen有限制）

有可能是名字太长。我没有去改原子类型。就是在tcl 中输入了 package require psfgen      topology 1 piece.str.  那我是不是应该先把原子类型名称改成短的。生成psf之后再改成genff力场的标准原子类型就可以了？
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3楼2013-03-06 09:29:11
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