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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)

[求助] top文件格式问题

我用www.paramchem.org/上面的top生成器生成了一片氧化石墨烯(1 piece.pdb)的top文件(附件中的1 piece.str)。这个str用psfgen生成1 piece.pdb的psf文件的时候出现的问题是too many arguments。请问那个str文件的格式应该做怎样的修改。
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  • 附件 1 : 1piece.pdb
  • 2013-03-04 10:14:23, 11.22 K
  • 附件 2 : 1piece.str
  • 2013-03-04 10:14:32, 12.79 K

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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
xiaosaizhao: 金币+30, ★★★很有帮助 2013-03-06 09:29:31
你没有提供具体的操作,可能是piece.str 中的原子类型名太长(psfgen有限制)
戒微博
2楼2013-03-06 08:41:56
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xiaosaizhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2013-03-06 08:41:56
你没有提供具体的操作,可能是piece.str 中的原子类型名太长(psfgen有限制)

有可能是名字太长。我没有去改原子类型。就是在tcl 中输入了 package require psfgen      topology 1 piece.str.  那我是不是应该先把原子类型名称改成短的。生成psf之后再改成genff力场的标准原子类型就可以了?
3楼2013-03-06 09:29:11
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-07 09:00:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaosaizhao at 2013-03-06 09:29:11
有可能是名字太长。我没有去改原子类型。就是在tcl 中输入了 package require psfgen      topology 1 piece.str.  那我是不是应该先把原子类型名称改成短的。生成psf之后再改成genff力场的标准原子类型就可以了?...

原子类型名只是名字,我觉得你将genffl力场的名字缩短改写就行了,只要不与charmm力场的其它的重名就好了。你用NAMD跑得话,它对原子类型名还是会有限制
戒微博
4楼2013-03-06 15:37:51
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