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凡凡高高高

金虫 (小有名气)

[求助] 克隆拟南芥的基因,为什么每次测序结果出来都是比TAIR网站上标注的序列多出20个碱基呢

最近在做载体构建,但是在克隆上就出现了问题,使得实验难有进展,以cDNA做模板,为什么每次克隆出来的得基因序列都比TAIR网站上标注的序列多出20个碱基呢?是网站上的信息错误还是操作的原因?又该怎么应对这种情况呢?求大神指点
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十比

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

网上的都是软件预测的,外显子与内含子边界也有可能有错误的,肯定以你自己测出来的为准。
6楼2013-02-26 16:57:12
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查看全部 9 个回答

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是编码区序列多了20个碱基吗?在NCBI上做个Blast看下,TAIR网站上的序列是col基因型的序列,你确定你的拟南芥是同一基因型?
2楼2013-02-22 12:41:02
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凡凡高高高

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2013-02-22 12:41:02
是编码区序列多了20个碱基吗?在NCBI上做个Blast看下,TAIR网站上的序列是col基因型的序列,你确定你的拟南芥是同一基因型?

是编码区多了20个碱基啊,拟南芥也是col生态型,多出的这20个碱基在TAIR网站上显示的是内含子的后半段序列
3楼2013-02-22 17:40:56
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 凡凡高高高 at 2013-02-21 21:40:56
是编码区多了20个碱基啊,拟南芥也是col生态型,多出的这20个碱基在TAIR网站上显示的是内含子的后半段序列...

也就是说你的cDNA序列中多了20个碱基,这20个碱基本应该是内含子的序列?那这样从这20个碱基往后就出现了移码突变是吗?呵呵,很怪异。
4楼2013-02-23 10:47:40
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