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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 土壤DGGE谱图问题
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)

[求助] 土壤DGGE谱图问题

真心请教关于DGGE方面问题，上面是我做的关于土壤细菌的DGGE，DNA及PCR均很好，但，不明白DGGE图有带不亮有哪些问题？谢谢大家了！
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    • 2012-12-27 19:40:54, 1.17 M

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鸟来吃虫
1楼 2012-12-27 19:43:45
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sunnyface

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能1：上样量太少，加大量，不少于300ng
      2：看你图片拍的不是很清楚，凝胶成像仪最好用Bio-rad
      3：跑的有点糊，胶是不是配的时间太长了（不超过一个月）
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2楼2012-12-27 22:28:04
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.用荧光染料还是EB，荧光染料用的GV的还是SYBR的，加了多少ul？至少5ul。你可能是荧光染料加的不够。
2.上样量是多少，我们一般50ul体系的PCR产物全部上完。而且你只跑这么几个泳道为啥用这么细的梳子？
3.凝胶成像系统的曝光时间不够，或者你的光圈调的太小了。
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3楼2012-12-28 08:46:56
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sunnyface at 2012-12-27 22:28:04
可能1：上样量太少，加大量，不少于300ng
      2：看你图片拍的不是很清楚，凝胶成像仪最好用Bio-rad
      3：跑的有点糊，胶是不是配的时间太长了（不超过一个月）

首先谢谢你！我的上样量是10ul+buffer5ul；成像仪是没问题的，胶是刚配的。PCR体系是25ul的。。
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鸟来吃虫
4楼2012-12-28 09:15:20
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小木虫8580 at 2012-12-28 08:46:56
1.用荧光染料还是EB，荧光染料用的GV的还是SYBR的，加了多少ul？至少5ul。你可能是荧光染料加的不够。
2.上样量是多少，我们一般50ul体系的PCR产物全部上完。而且你只跑这么几个泳道为啥用这么细的梳子？
3.凝胶成 ...

首先谢谢你！我用EB染色的，上样量是10ul+5ul的buffer；PCR体系是25ul的。感觉应该不会是成像系统的问题。
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鸟来吃虫
5楼2012-12-28 09:18:31
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zhengsx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你做的应该是16s吧，（1）条带多就会有很多带不清楚，若是功能类群条带越少图就越是漂亮；（2）EB染色不如银染；（3）你的照片聚焦的确有问题；（4）感觉你没有重复啊。
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坚持，看准的一定要坚持
6楼2013-01-01 17:01:42
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhengsx at 2013-01-01 17:01:42
你做的应该是16s吧，（1）条带多就会有很多带不清楚，若是功能类群条带越少图就越是漂亮；（2）EB染色不如银染；（3）你的照片聚焦的确有问题；（4）感觉你没有重复啊。

谢谢你，做的是16s的  看师兄做的EB染是不错的啊，你说的重复是什么意思？
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鸟来吃虫
7楼2013-01-02 10:20:59
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zhengsx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

每个处理至少3次重复，否则不好发表。
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坚持，看准的一定要坚持
8楼2013-01-03 14:49:00
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