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riqqqqdx

银虫 (小有名气)

[求助] 土壤DGGE谱图问题

真心请教关于DGGE方面问题,上面是我做的关于土壤细菌的DGGE,DNA及PCR均很好,但,不明白DGGE图有带不亮有哪些问题?谢谢大家了!
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鸟来吃虫
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sunnyface

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可能1:上样量太少,加大量,不少于300ng
      2:看你图片拍的不是很清楚,凝胶成像仪最好用Bio-rad
      3:跑的有点糊,胶是不是配的时间太长了(不超过一个月)
2楼2012-12-27 22:28:04
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小小木虫8580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1.用荧光染料还是EB,荧光染料用的GV的还是SYBR的,加了多少ul?至少5ul。你可能是荧光染料加的不够。
2.上样量是多少,我们一般50ul体系的PCR产物全部上完。而且你只跑这么几个泳道为啥用这么细的梳子?
3.凝胶成像系统的曝光时间不够,或者你的光圈调的太小了。
3楼2012-12-28 08:46:56
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunnyface at 2012-12-27 22:28:04
可能1:上样量太少,加大量,不少于300ng
      2:看你图片拍的不是很清楚,凝胶成像仪最好用Bio-rad
      3:跑的有点糊,胶是不是配的时间太长了(不超过一个月)

首先谢谢你!我的上样量是10ul+buffer5ul;成像仪是没问题的,胶是刚配的。PCR体系是25ul的。。
鸟来吃虫
4楼2012-12-28 09:15:20
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小小木虫8580 at 2012-12-28 08:46:56
1.用荧光染料还是EB,荧光染料用的GV的还是SYBR的,加了多少ul?至少5ul。你可能是荧光染料加的不够。
2.上样量是多少,我们一般50ul体系的PCR产物全部上完。而且你只跑这么几个泳道为啥用这么细的梳子?
3.凝胶成 ...

首先谢谢你!我用EB染色的,上样量是10ul+5ul的buffer;PCR体系是25ul的。感觉应该不会是成像系统的问题。
鸟来吃虫
5楼2012-12-28 09:18:31
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zhengsx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你做的应该是16s吧,(1)条带多就会有很多带不清楚,若是功能类群条带越少图就越是漂亮;(2)EB染色不如银染;(3)你的照片聚焦的确有问题;(4)感觉你没有重复啊。
坚持,看准的一定要坚持
6楼2013-01-01 17:01:42
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riqqqqdx

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhengsx at 2013-01-01 17:01:42
你做的应该是16s吧,(1)条带多就会有很多带不清楚,若是功能类群条带越少图就越是漂亮;(2)EB染色不如银染;(3)你的照片聚焦的确有问题;(4)感觉你没有重复啊。

谢谢你,做的是16s的  看师兄做的EB染是不错的啊,你说的重复是什么意思?
鸟来吃虫
7楼2013-01-02 10:20:59
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zhengsx

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

每个处理至少3次重复,否则不好发表。
坚持,看准的一定要坚持
8楼2013-01-03 14:49:00
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