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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问WB的数据在论文中应该怎样给出才算标准？
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summer2771

木虫 (正式写手)

[求助] 请问WB的数据在论文中应该怎样给出才算标准？

请教大家一个问题，大家做通路时，最后成文的时候一般是怎样来反映数据？我是说总量和磷酸化的是分开给出？还是直接以一个磷酸化/总量的形式来给出呢？谢谢！
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1楼 2012-12-22 10:49:25
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 呵呵，辛苦了 2012-12-23 17:41:19
引用回帖:
9楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-23 00:25:44
斑竹说的我能够理解，确实可以这样做！呵呵。不知道斑竹对我发本帖的目的问题给一个看法？即1楼的问题，另外还有我7楼的回复，谢谢斑竹！...

不用客气，
你7楼的回复，我不好说啊
关于你1楼的问题
对于磷酸化水平和总蛋白水平，其实你说的“总量和磷酸化分开和直接以一个磷酸化/总量的形式来给出”都有见过，但还是将总量和磷酸化分开据绝对多数
从几篇Nature文章上摘几个图片，供你参考

Nature 483, 100–103 (01 March 2012)


Nature 480, 387–390 (15 December 2011)


Nature 468, 973–977 (16 December 2010)


Nature 439, 358-362 (19 January 2006)

[ Last edited by gyesang on 2012-12-23 at 01:03 ]
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summer2771
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
10楼2012-12-23 00:58:12
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summer2771

木虫 (正式写手)
斑竹请看，我说的是他们给出读数和结果的方式，如图中的柱状图。这两个例子应该都是跟您所贴的图所反映的方法是一致的，即：
磷酸化表达
总量表达
内参

方式1.jpg



方式2.jpg
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12楼2012-12-23 01:25:26
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porphybaby

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
summer2771: 金币+3, ★★★很有帮助, 非常感觉您的热心回帖，并同大家分享宝贵的经验！ 2012-12-24 06:45:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-22 23:09:26
其实，看我另一个导师所带的学生，做出来的结果标准差那么小，真心觉得不相信...
我的虽然趋势是一致的，但是个体之间差异还是很大的。不知道您是否遇到这样的情况？...

会。
我同样的实验，重复了三次，养了三轮细胞，提了三次蛋白，然后做WB。虽然趋势都是对的，这个是毫无疑问，但是上调下调的那个比例呢，就每次都不一样，而且其实还差得蛮远的。

如果说要计算那个统计学分析 什么 P＜0.05 我是过不了的


但是我问了很多人 他们都说 好像没有必要算那个东西
如果说真的要算 误差分析啊啥的 可能是 荧光定量PCR 那个就要求严格一些了

再说了 我觉得我们这边 很多人都做得贼丑无比
曝光都过度 上样也没上好 反正搞得特别难看 但是那些人 都觉得自己做的很好

真搞不懂那些人 哪来的信心
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summer2771
16楼2012-12-23 23:25:03
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summer2771

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-23 17:36:31
组间的差异，你是指，你有具体实验设计么？...

即对照组与实验组，或者是实验组之间的两两比较啊！就是我上面贴图里的柱形图那样。
比如说，我做某个目的蛋白A的蛋白总量和磷酸化，你从磷酸化的条带上来看，可能是实验组高于对照组，但是如果总量也上调的话，就有可能最终的p-A/T-A趋势跟我们肉眼所观察的条带趋势是相反的。因为总量的条带一般来说变化弧度并不太大，主要还是在磷酸化上。所以如果不做比值，不给出柱状图。恐怕很多读者就会误认为条带肉眼上所看出的趋势就是真正的趋势了。有误导读者的可能性。
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17楼2012-12-24 06:44:37
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summer2771

木虫 (正式写手)
今天在另一个论坛上看到一个坛友说，一般都只用磷酸化/总量的形式来比较，但是这个磷酸化并不是磷酸化值/内参，总量也不是总量/内参。而直接是咱们用软件所读出的磷酸化蛋白的IOD值，和蛋白总量的IOD值。
难道我一直以来都是把错误当成了真理？我一直都认为是给出来的P/T值应该是
（P/内参）/(T/内参)
如果两个蛋白是同一版胶来跑的，直接用P/T是没问题，但是如果不是同一版胶，这样肯定就是不对的吧！？
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21楼2012-12-25 00:26:03
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普通回帖

ankang0910

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-12-22 19:12:36
summer2771: 金币+1, ★有帮助, 感谢回帖发表宝贵意见！ 2012-12-22 20:58:58
分开给图，一个总蛋白条带，一个相对应的磷酸化的条带。分析灰度值可以写出磷酸化/总量的ratio来。
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实验顺利！！
2楼2012-12-22 15:42:59
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蓝天_1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
summer2771: 金币+1, ★有帮助, 谢谢您的热心回帖！ 2012-12-22 22:01:12
补充下楼上的，应该在加一个内参。
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3楼2012-12-22 21:30:20
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝天_1988 at 2012-12-22 21:30:20
补充下楼上的，应该在加一个内参。

不过，这样岂不是要求一定要P和TOTAL同一版胶来跑！？否则只能是用各自的内参？要是只拿其中一个内参来用的话，似乎有不严谨之嫌？
但是我们在实际操作中，往往都不是P和TOTAL一起跑的...
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4楼2012-12-22 22:02:59
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porphybaby

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
summer2771: 金币+1, ★有帮助, 感谢您的回帖！您所说的，我深有体会！ 2012-12-22 23:05:03
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-12-23 17:41:35
WB 本身是个半定量的实验 它只能看个大概趋势 而不能准确定量

灰度的计算 本身这个就存在一定问题 不同软件 不同算法 它的判定都不太一样

然后你整个过程 又有多种因素 影响你的定量结果 所以没有必要那么严格
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5楼2012-12-22 22:25:41
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ankang0910 at 2012-12-22 15:42:59
分开给图，一个总蛋白条带，一个相对应的磷酸化的条带。分析灰度值可以写出磷酸化/总量的ratio来。

我的一个蛋白，干预后本来磷酸化表达相对于对照组应该下降的，但是却反而增加了...
但是如果结合了蛋白总量的话，以p/Total的比值来反映，则还是降低的。可是，那两个又黑又粗的磷酸化表达条带放那儿可真是碍眼啊...
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6楼2012-12-22 23:07:05
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by porphybaby at 2012-12-22 22:25:41
WB 本身是个半定量的实验 它只能看个大概趋势 而不能准确定量

灰度的计算 本身这个就存在一定问题 不同软件 不同算法 它的判定都不太一样

然后你整个过程 又有多种因素 影响你的定量结果 所以没有必要那么严 ...

其实，看我另一个导师所带的学生，做出来的结果标准差那么小，真心觉得不相信...
我的虽然趋势是一致的，但是个体之间差异还是很大的。不知道您是否遇到这样的情况？
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7楼2012-12-22 23:09:26
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
summer2771: 金币+1, ★有帮助, 感谢助版回帖发表自己的意见！ 2012-12-23 00:23:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-22 22:02:59
不过，这样岂不是要求一定要P和TOTAL同一版胶来跑！？否则只能是用各自的内参？要是只拿其中一个内参来用的话，似乎有不严谨之嫌？
但是我们在实际操作中，往往都不是P和TOTAL一起跑的......

P，total，内参可以用同一张膜来完成，如果目标蛋白与内参分子量相差大，可以将膜剪开，分别压目标蛋白和内参，目标蛋白可以先压磷酸化的，然后压玩磷酸化的膜用膜再生液将抗体洗掉，再压总蛋白，这样不用反复跑胶，而且没有跑胶是胶与胶之间的差异。
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2012-12-23 00:16:12
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-23 00:16:12
P，total，内参可以用同一张膜来完成，如果目标蛋白与内参分子量相差大，可以将膜剪开，分别压目标蛋白和内参，目标蛋白可以先压磷酸化的，然后压玩磷酸化的膜用膜再生液将抗体洗掉，再压总蛋白，这样不用反复跑胶 ...

斑竹说的我能够理解，确实可以这样做！呵呵。不知道斑竹对我发本帖的目的问题给一个看法？即1楼的问题，另外还有我7楼的回复，谢谢斑竹！
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