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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问WB的数据在论文中应该怎样给出才算标准？
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summer2771

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-23 00:58:12
不用客气，
你7楼的回复，我不好说啊
关于你1楼的问题
对于磷酸化水平和总蛋白水平，其实你说的“总量和磷酸化分开和直接以一个磷酸化/总量的形式来给出”都有见过，但还是将总量和磷酸化分开据绝对多数
...

谢谢斑竹！斑竹非常敬业，送上鲜花一朵！
我想斑竹误会我的意思了，我也知道贴图肯定是磷酸化和总量的都要贴，然后得附上内参的条带，内参一般来说都是齐的，所以可以认为不同一版胶跑也没事（当然，严谨的意义上来说这么做不可取）。
我想知道的是，在给出其值的时候，还是得用p/total的形式来表示吧？您所给的图上只有蛋白条带，没有他们的统计柱状图或者是折线图。我也贴两个图上来您看看是否跟我的意思一致？
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11楼2012-12-23 01:21:09
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summer2771

木虫 (正式写手)
斑竹请看，我说的是他们给出读数和结果的方式，如图中的柱状图。这两个例子应该都是跟您所贴的图所反映的方法是一致的，即：
磷酸化表达
总量表达
内参

方式1.jpg



方式2.jpg
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12楼2012-12-23 01:25:26
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-23 01:25:26
斑竹请看，我说的是他们给出读数和结果的方式，如图中的柱状图。这两个例子应该都是跟您所贴的图所反映的方法是一致的，即：
磷酸化表达
总量表达
内参

方式1.jpg

方式2.jpg
...

我觉得柱形图完全可以不要，他放在这里完全是想更直观的让读者看出其中的差别，有一些非常微弱的变化，他们可能会做过ratio，这灰度这种东西有时候也不靠谱
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summer2771
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
13楼2012-12-23 12:24:27
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summer2771

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-23 12:24:27
我觉得柱形图完全可以不要，他放在这里完全是想更直观的让读者看出其中的差别，有一些非常微弱的变化，他们可能会做过ratio，这灰度这种东西有时候也不靠谱...

如果不做柱状图，怎么来直观比较组间的差异！？
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14楼2012-12-23 14:30:01
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-23 14:30:01
如果不做柱状图，怎么来直观比较组间的差异！？...

组间的差异，你是指，你有具体实验设计么？
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summer2771
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
15楼2012-12-23 17:36:31
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porphybaby

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
summer2771: 金币+3, ★★★很有帮助, 非常感觉您的热心回帖，并同大家分享宝贵的经验！ 2012-12-24 06:45:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-22 23:09:26
其实，看我另一个导师所带的学生，做出来的结果标准差那么小，真心觉得不相信...
我的虽然趋势是一致的，但是个体之间差异还是很大的。不知道您是否遇到这样的情况？...

会。
我同样的实验，重复了三次，养了三轮细胞，提了三次蛋白，然后做WB。虽然趋势都是对的，这个是毫无疑问，但是上调下调的那个比例呢，就每次都不一样，而且其实还差得蛮远的。

如果说要计算那个统计学分析 什么 P＜0.05 我是过不了的


但是我问了很多人 他们都说 好像没有必要算那个东西
如果说真的要算 误差分析啊啥的 可能是 荧光定量PCR 那个就要求严格一些了

再说了 我觉得我们这边 很多人都做得贼丑无比
曝光都过度 上样也没上好 反正搞得特别难看 但是那些人 都觉得自己做的很好

真搞不懂那些人 哪来的信心
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summer2771
16楼2012-12-23 23:25:03
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summer2771

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-23 17:36:31
组间的差异，你是指，你有具体实验设计么？...

即对照组与实验组，或者是实验组之间的两两比较啊！就是我上面贴图里的柱形图那样。
比如说，我做某个目的蛋白A的蛋白总量和磷酸化，你从磷酸化的条带上来看，可能是实验组高于对照组，但是如果总量也上调的话，就有可能最终的p-A/T-A趋势跟我们肉眼所观察的条带趋势是相反的。因为总量的条带一般来说变化弧度并不太大，主要还是在磷酸化上。所以如果不做比值，不给出柱状图。恐怕很多读者就会误认为条带肉眼上所看出的趋势就是真正的趋势了。有误导读者的可能性。
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17楼2012-12-24 06:44:37
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summer2771

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
16楼: Originally posted by porphybaby at 2012-12-23 23:25:03
会。
我同样的实验，重复了三次，养了三轮细胞，提了三次蛋白，然后做WB。虽然趋势都是对的，这个是毫无疑问，但是上调下调的那个比例呢，就每次都不一样，而且其实还差得蛮远的。

如果说要计算那个统计学分析 ...

感谢您的真诚分享！建议版主给这位战友加分！我送上一朵鲜花聊表敬意。主要是因为觉得这位战友敢于坦白自己试验所存在的问题。放眼WB红遍中国，每个人在文章中贴出来的条带或是柱形图都是强弱明显、误差线几乎不存在...我个人对此深表怀疑，呵呵。
在这有两个疑问请问战友：
1.你说的趋势对是什么意思？是理论上应该强的从条带上看就强，该弱的就弱？上调下调的比例又指什么？你说的这两者的变化应该是一致的么？
2.你要比较什么差异呢，觉得自己的P小于0.05达不到
3.为什么不要误差线呢？只看均值代表不了问题啊，同一组中有可能这个的值是1.8，而另外一个只有0.2，你三个平均下来也有差不多1了，但是标准差那么大，能说明他相对于对照组是增强了还是减弱了么？
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18楼2012-12-24 06:52:27
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porphybaby

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
18楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-24 06:52:27
感谢您的真诚分享！建议版主给这位战友加分！我送上一朵鲜花聊表敬意。主要是因为觉得这位战友敢于坦白自己试验所存在的问题。放眼WB红遍中国，每个人在文章中贴出来的条带或是柱形图都是强弱明显、误差线几乎不存 ...

就是说 我加了我的药物处理过细胞之后
它会比control 的有变化。从条带上就能看出，随着我药物的浓度增大，某些基因上调的幅度会越来越大，那就是趋势是上调。从条带就可以看出越来越深。

上调下调的比例是指，我每个都会计算灰度。跟各自的内参相比较，然后以control自己的那个(目的基因/看家基因)的值为参考，用其他组的去除以它，得出一系列数值，那么就会是 control为1，其他的为1.5啊，2.7啊，3.3啊之类的。

但同一个药物浓度，我做了3次，它那个相对值并不稳定。例如，

control      2 uM  4 uM  6 uM
   1            1.3     1.5     1.8
   1            2.5     4.2     5.2
   1            1.8     3.8     4.7
比如这样 它每次的趋势都是对的 但是单独计算各自的 就 没法做到误差范围内。 如果说我要用3次平均，来计算我的药物 对 某基因的影响程度 我就觉得这样似乎不太靠谱咯。。。只能说 有影响 是激活它表达 而不能具体到增强了多少。
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19楼2012-12-24 20:19:26
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by porphybaby at 2012-12-24 20:19:26
就是说 我加了我的药物处理过细胞之后
它会比control 的有变化。从条带上就能看出，随着我药物的浓度增大，某些基因上调的幅度会越来越大，那就是趋势是上调。从条带就可以看出越来越深。

上调下调的比例是指， ...

恩，你的解释我明白了！
你的情况跟我差不多，呵呵，但是又有所不同。
有人说这是基因本身不太稳定的原因
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20楼2012-12-24 20:31:16
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