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summer2771

木虫 (正式写手)

[求助] 请问WB的数据在论文中应该怎样给出才算标准?

请教大家一个问题,大家做通路时,最后成文的时候一般是怎样来反映数据?我是说总量和磷酸化的是分开给出?还是直接以一个磷酸化/总量的形式来给出呢?谢谢!
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porphybaby

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
18楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-24 06:52:27
感谢您的真诚分享!建议版主给这位战友加分!我送上一朵鲜花聊表敬意。主要是因为觉得这位战友敢于坦白自己试验所存在的问题。放眼WB红遍中国,每个人在文章中贴出来的条带或是柱形图都是强弱明显、误差线几乎不存 ...

就是说 我加了我的药物处理过细胞之后
它会比control 的有变化。从条带上就能看出,随着我药物的浓度增大,某些基因上调的幅度会越来越大,那就是趋势是上调。从条带就可以看出越来越深。

上调下调的比例是指,我每个都会计算灰度。跟各自的内参相比较,然后以control自己的那个(目的基因/看家基因)的值为参考,用其他组的去除以它,得出一系列数值,那么就会是 control为1,其他的为1.5啊,2.7啊,3.3啊之类的。

但同一个药物浓度,我做了3次,它那个相对值并不稳定。例如,

control      2 uM  4 uM  6 uM
   1            1.3     1.5     1.8
   1            2.5     4.2     5.2
   1            1.8     3.8     4.7
比如这样 它每次的趋势都是对的 但是单独计算各自的 就 没法做到误差范围内。 如果说我要用3次平均,来计算我的药物 对 某基因的影响程度 我就觉得这样似乎不太靠谱咯。。。只能说 有影响 是激活它表达 而不能具体到增强了多少。
19楼2012-12-24 20:19:26
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ankang0910

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2012-12-22 19:12:36
summer2771: 金币+1, 有帮助, 感谢回帖发表宝贵意见! 2012-12-22 20:58:58
分开给图,一个总蛋白条带,一个相对应的磷酸化的条带。分析灰度值可以写出磷酸化/总量的ratio来。
实验顺利!!
2楼2012-12-22 15:42:59
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蓝天_1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
summer2771: 金币+1, 有帮助, 谢谢您的热心回帖! 2012-12-22 22:01:12
补充下楼上的,应该在加一个内参。
3楼2012-12-22 21:30:20
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summer2771

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝天_1988 at 2012-12-22 21:30:20
补充下楼上的,应该在加一个内参。

不过,这样岂不是要求一定要P和TOTAL同一版胶来跑!?否则只能是用各自的内参?要是只拿其中一个内参来用的话,似乎有不严谨之嫌?
但是我们在实际操作中,往往都不是P和TOTAL一起跑的...
4楼2012-12-22 22:02:59
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