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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

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注册: 2009-03-14
性别: GG
专业: 固体无机化学

[求助] 分子对接前，大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中，含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合，这个修饰后的残基怎么处理，是直接删掉这个配体吗，删掉后结构需要优化吗？大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基，以用于分子对接？谢谢

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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！

1楼2012-12-13 21:47:15

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齐春艳

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 2997231
注册: 2014-02-26
专业: 药物学

引用回帖:

10楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-17 18:21:05
1:先加氢，计算电荷保存成pdb格式
2：在grid里面，转换成pdbqt格式

请问为什么要先加氢？加氢的目的是什么呢？

11楼2015-04-02 16:01:01

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