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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，大分子的前处理
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，大分子的前处理

从数据库现在的大分子文件中，含有一个配体与氨基酸残基-S-S-结合，这个修饰后的残基怎么处理，是直接删掉这个配体吗，删掉后结构需要优化吗？大家是怎么处理这种活性位点被化学修饰的氨基酸残基，以用于分子对接？谢谢
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
1楼2012-12-13 21:47:15
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齐春艳

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by longdlut at 2012-12-17 18:21:05
1:先加氢，计算电荷保存成pdb格式
2：在grid里面，转换成pdbqt格式

请问为什么要先加氢？加氢的目的是什么呢？
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11楼2015-04-02 16:01:01
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:04:03
gouyi: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-14 21:26:21
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除，然后还是需要优化下的。不过我也是新手，不知道这么做有没有问题。。。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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努力，不放弃
2楼2012-12-14 01:20:48
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
引用回帖:
2楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-14 01:20:48
我的处理方法是直接在pdb文件上把小分子删除，然后还是需要优化下的。不过我也是新手，不知道这么做有没有问题。。。

我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
3楼2012-12-14 10:14:46
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gouyi at 2012-12-14 10:14:46
我这样做可以不优化吗---把那个修饰的残基采用柔性对接。...

最好还是优化下，不需要太久，但是对你的体系稳定有帮助
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努力，不放弃
4楼2012-12-14 20:23:48
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