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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

[求助] 去除重复序列的方法

各位，好！
    请问有什么软件可以去除众多序列中的重复序列？我分析的序列较多，大约有5万条以上，不过，我不会perl语言，最好是生物学方面的软件。谢谢！
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1楼 2012-11-26 20:58:11
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liaoshibo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有这种数据库的。你输入条件后，可以自动给你设计出序列。上过这种课，但忘了是哪个数据库。
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我就是我，你也是你。勿模仿，自超越。
2楼2012-11-26 21:23:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
生物蚂蚁: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2012-12-29 17:33:11
你这个重复序列是怎么定义的。
我举个例子，两条序列A和B，A长1000bp，B长2000bp，A和B的前一半一模一样，这算重复序列不？
再比如，A和B都是1000bp，但是中间有2个bp是不同的，这样算不算呢？
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3楼2012-11-27 08:44:13
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seanzhu1996

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这种软件好像没有，至少没有免费的，可以问问测序公司，
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享受每天的生活
4楼2012-11-27 10:19:24
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-27 08:44:13
你这个重复序列是怎么定义的。
我举个例子，两条序列A和B，A长1000bp，B长2000bp，A和B的前一半一模一样，这算重复序列不？
再比如，A和B都是1000bp，但是中间有2个bp是不同的，这样算不算呢？

是这样的：A和B长度一样，序列是一样的，简单说就是A=B。
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5楼2012-11-27 13:37:51
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 生物蚂蚁 at 2012-11-27 13:37:51
是这样的：A和B长度一样，序列是一样的，简单说就是A=B。...

那倒是让问题更简单了。
但是怀疑windows下木有这样的软件，数据量太大。还是应该在linux下处理一下。你可以压缩一下数据，然后传我，我给你处理一下。
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6楼2012-11-28 09:08:33
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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7楼2012-11-28 11:13:51
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