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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

[求助] 去除重复序列的方法

各位,好!
    请问有什么软件可以去除众多序列中的重复序列?我分析的序列较多,大约有5万条以上,不过,我不会perl语言,最好是生物学方面的软件。谢谢!
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liaoshibo

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有这种数据库的。你输入条件后,可以自动给你设计出序列。上过这种课,但忘了是哪个数据库。
我就是我,你也是你。勿模仿,自超越。
2楼2012-11-26 21:23:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
生物蚂蚁: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2012-12-29 17:33:11
你这个重复序列是怎么定义的。
我举个例子,两条序列A和B,A长1000bp,B长2000bp,A和B的前一半一模一样,这算重复序列不?
再比如,A和B都是1000bp,但是中间有2个bp是不同的,这样算不算呢?
3楼2012-11-27 08:44:13
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seanzhu1996

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这种软件好像没有,至少没有免费的,可以问问测序公司,
享受每天的生活
4楼2012-11-27 10:19:24
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-27 08:44:13
你这个重复序列是怎么定义的。
我举个例子,两条序列A和B,A长1000bp,B长2000bp,A和B的前一半一模一样,这算重复序列不?
再比如,A和B都是1000bp,但是中间有2个bp是不同的,这样算不算呢?

是这样的:A和B长度一样,序列是一样的,简单说就是A=B。
5楼2012-11-27 13:37:51
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 生物蚂蚁 at 2012-11-27 13:37:51
是这样的:A和B长度一样,序列是一样的,简单说就是A=B。...

那倒是让问题更简单了。
但是怀疑windows下木有这样的软件,数据量太大。还是应该在linux下处理一下。你可以压缩一下数据,然后传我,我给你处理一下。
6楼2012-11-28 09:08:33
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

内容已删除
7楼2012-11-28 11:13:51
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