24小时热门版块排行榜    

查看: 2911  |  回复: 9

beescity

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 引物设计跨内含子,操作中如何快速实现?

经常都在说检测mRNA,引物设计要跨内含子,道理也知道。
大家平时在实际操作时候,是如何实现的啊?
难道设计出来了之后手动去某段引物是不是在一个外显子的边缘,另一个又是在相邻外显子?这个方法是不是太慢了?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这。。我做水稻直接就拿NCBI上目标基因的mRNA来设计就可以了。
2楼2012-10-29 15:18:34
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.
为什么
3楼2012-10-29 22:43:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beescity

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2012-10-29 22:43:32
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.

目的序列不是在NCBI的怎么办呢?粘进去?这样又不知道内含子和外显子啊。
4楼2012-10-30 08:07:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-30 15:55:26
引用回帖:
4楼: Originally posted by beescity at 2012-10-30 08:07:21
目的序列不是在NCBI的怎么办呢?粘进去?这样又不知道内含子和外显子啊。...

一种是查找相似序列,以相似序列来预设计,一种是用软件设计,比如primer5可以在某一区移动找出相对得分高的作为引物.另外,有时候,只要一条引物是跨内含子,就可以区分从基因组DNA扩增和从mRNA扩增.现在也有通过DNase降解处理来解决无法找到好的跨内含子引物的问题。
为什么
5楼2012-10-30 09:48:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beescity

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2012-10-30 09:48:35
一种是查找相似序列,以相似序列来预设计,一种是用软件设计,比如primer5可以在某一区移动找出相对得分高的作为引物.另外,有时候,只要一条引物是跨内含子,就可以区分从基因组DNA扩增和从mRNA扩增.现在也有通过DNase降 ...

可不可以这样理解。如果做了DNase处理的mRNA样品,不一定要求引物要垮内含子。
用保守序列来找引物,只能手动排查了?天啊,我好怕这个过程,眼神容易看走眼。
6楼2012-10-30 10:41:01
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mamadexiao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI有个primer的设计软件,其中有个选项就是跨内含子设计引物。。。呵呵,自己找下,很简单的。。。
7楼2012-10-30 21:54:30
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beescity

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mamadexiao at 2012-10-30 21:54:30
NCBI有个primer的设计软件,其中有个选项就是跨内含子设计引物。。。呵呵,自己找下,很简单的。。。

我把别的网站的基因组序列粘贴进去,能看到内含子么?
8楼2012-10-31 00:00:58
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-31 15:08:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by beescity at 2012-10-30 10:41:01
可不可以这样理解。如果做了DNase处理的mRNA样品,不一定要求引物要垮内含子。
用保守序列来找引物,只能手动排查了?天啊,我好怕这个过程,眼神容易看走眼。...

有mDNA和genome DNA序列,找出mRNA中外显子拼接的地方,没有太多可以挑选的.至于DNase处理的mRNA样品...如果是做定量PCR,就我看到生工之类引物合成公司帮设计的,就没考虑跨内含子的.当然,如果你也用这样的方法,个人建议要做对照,具体多看点文献吧.
为什么
9楼2012-10-31 08:30:29
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beescity

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 547star at 2012-10-31 08:30:29
有mDNA和genome DNA序列,找出mRNA中外显子拼接的地方,没有太多可以挑选的.至于DNase处理的mRNA样品...如果是做定量PCR,就我看到生工之类引物合成公司帮设计的,就没考虑跨内含子的.当然,如果你也用这样的方法,个人建 ...

老兄,找出拼接地方之后怎么操作?把这部分序列粘出来?然后设计。还是用整个cDNA序列设计之后看哪些引物落在这个区域。有图解么?人太低端了,理解不了。
10楼2012-11-02 09:12:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 beescity 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +4 梨花珞晚风 2026-03-17 4/200 2026-03-17 13:38 by houyaoxu
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-13 5/250 2026-03-17 10:15 by Sammy2
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 0703化学336分求调剂 +3 zbzihdhd 2026-03-15 4/200 2026-03-16 23:52 by zbzihdhd
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +5 d如愿上岸 2026-03-12 8/400 2026-03-16 15:19 by peike
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院,化学方向,295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子!
信息提示
请填处理意见