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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计跨内含子，操作中如何快速实现？
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beescity

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 引物设计跨内含子，操作中如何快速实现？

经常都在说检测mRNA，引物设计要跨内含子，道理也知道。
大家平时在实际操作时候，是如何实现的啊？
难道设计出来了之后手动去某段引物是不是在一个外显子的边缘，另一个又是在相邻外显子？这个方法是不是太慢了？
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1楼 2012-10-29 14:18:19
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竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这。。我做水稻直接就拿NCBI上目标基因的mRNA来设计就可以了。
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2楼2012-10-29 15:18:34
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.
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为什么
3楼2012-10-29 22:43:32
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beescity

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2012-10-29 22:43:32
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.

目的序列不是在NCBI的怎么办呢？粘进去？这样又不知道内含子和外显子啊。
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4楼2012-10-30 08:07:21
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-30 15:55:26
引用回帖:
4楼: Originally posted by beescity at 2012-10-30 08:07:21
目的序列不是在NCBI的怎么办呢？粘进去？这样又不知道内含子和外显子啊。...

一种是查找相似序列,以相似序列来预设计,一种是用软件设计,比如primer5可以在某一区移动找出相对得分高的作为引物.另外,有时候,只要一条引物是跨内含子,就可以区分从基因组DNA扩增和从mRNA扩增.现在也有通过DNase降解处理来解决无法找到好的跨内含子引物的问题。
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为什么
5楼2012-10-30 09:48:35
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beescity

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 547star at 2012-10-30 09:48:35
一种是查找相似序列,以相似序列来预设计,一种是用软件设计,比如primer5可以在某一区移动找出相对得分高的作为引物.另外,有时候,只要一条引物是跨内含子,就可以区分从基因组DNA扩增和从mRNA扩增.现在也有通过DNase降 ...

可不可以这样理解。如果做了DNase处理的mRNA样品，不一定要求引物要垮内含子。
用保守序列来找引物，只能手动排查了？天啊，我好怕这个过程，眼神容易看走眼。
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6楼2012-10-30 10:41:01
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mamadexiao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI有个primer的设计软件，其中有个选项就是跨内含子设计引物。。。呵呵，自己找下，很简单的。。。
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7楼2012-10-30 21:54:30
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beescity

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mamadexiao at 2012-10-30 21:54:30
NCBI有个primer的设计软件，其中有个选项就是跨内含子设计引物。。。呵呵，自己找下，很简单的。。。

我把别的网站的基因组序列粘贴进去，能看到内含子么？
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8楼2012-10-31 00:00:58
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-31 15:08:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by beescity at 2012-10-30 10:41:01
可不可以这样理解。如果做了DNase处理的mRNA样品，不一定要求引物要垮内含子。
用保守序列来找引物，只能手动排查了？天啊，我好怕这个过程，眼神容易看走眼。...

有mDNA和genome DNA序列,找出mRNA中外显子拼接的地方,没有太多可以挑选的.至于DNase处理的mRNA样品...如果是做定量PCR,就我看到生工之类引物合成公司帮设计的,就没考虑跨内含子的.当然,如果你也用这样的方法,个人建议要做对照,具体多看点文献吧.
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为什么
9楼2012-10-31 08:30:29
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beescity

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 547star at 2012-10-31 08:30:29
有mDNA和genome DNA序列,找出mRNA中外显子拼接的地方,没有太多可以挑选的.至于DNase处理的mRNA样品...如果是做定量PCR,就我看到生工之类引物合成公司帮设计的,就没考虑跨内含子的.当然,如果你也用这样的方法,个人建 ...

老兄，找出拼接地方之后怎么操作？把这部分序列粘出来？然后设计。还是用整个cDNA序列设计之后看哪些引物落在这个区域。有图解么？人太低端了，理解不了。
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10楼2012-11-02 09:12:20
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