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beescity

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 引物设计跨内含子,操作中如何快速实现?

经常都在说检测mRNA,引物设计要跨内含子,道理也知道。
大家平时在实际操作时候,是如何实现的啊?
难道设计出来了之后手动去某段引物是不是在一个外显子的边缘,另一个又是在相邻外显子?这个方法是不是太慢了?
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.
为什么
3楼2012-10-29 22:43:32
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竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这。。我做水稻直接就拿NCBI上目标基因的mRNA来设计就可以了。
2楼2012-10-29 15:18:34
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beescity

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2012-10-29 22:43:32
NCBI有相应的工具,一般跨内含子时3`端有少数在里面的外显子.

目的序列不是在NCBI的怎么办呢?粘进去?这样又不知道内含子和外显子啊。
4楼2012-10-30 08:07:21
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-30 15:55:26
引用回帖:
4楼: Originally posted by beescity at 2012-10-30 08:07:21
目的序列不是在NCBI的怎么办呢?粘进去?这样又不知道内含子和外显子啊。...

一种是查找相似序列,以相似序列来预设计,一种是用软件设计,比如primer5可以在某一区移动找出相对得分高的作为引物.另外,有时候,只要一条引物是跨内含子,就可以区分从基因组DNA扩增和从mRNA扩增.现在也有通过DNase降解处理来解决无法找到好的跨内含子引物的问题。
为什么
5楼2012-10-30 09:48:35
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