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weining1203

新虫 (小有名气)

[求助] 双酶切质粒浓度问题

小弟最近要做双酶切质粒,然后连接(将目的基因和表达载体连接),做原核表达,分别提取表达载体pET-28a质粒,使用5ml菌液,浓度为50ng/ul;  pMD-19T-目的基因质粒,使用5ml菌液,浓度为150ng/ul;   我想知道的是,分别对着两种质粒进行双酶切,然后胶回收目的产物,做连接,那么这两种质粒的浓度够不够啊?还有双酶切体系怎么确定?
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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weining1203: 金币+5, 有帮助 2012-11-09 20:25:57
一般普通的克隆:设计连接反应时(10ul),一般50-100ng回收的酶切后载体DNA就足够了,而回收的酶切后的目的基因片段的分子数(摩尔数)为载体的分子的3-5倍。基于以上原则,一般载体酶切时需要1-2ugDNA,,考虑到回收的效率一般在50%左右,你一般可以得到0.5-1ugDNA,而回收时洗脱体积一般至少为25ul,因而你回收的载体样品一般浓度为20-40ng/ul,这样设计10ul的连接时,你可以考虑用2-4ul回收的载体。利用类似的方法,根据你需要回收的目的基因片段的大小以及克隆目的基因载体pMD-19T的大小,可以推算出pMD-19T酶切时的用量(取决于你目的基因的大小,目的基因越小,你需要的载体DNA越多些)。
至于双酶切的设计,你可以利用double digestion designer进行设计,如果你知道了需要进行酶切的质粒DNA的量和分子大小,你就可以精确计算出完全酶切所需要的酶量,使用还用很方便的,而且可以免费使用。该软件的网址是http://www.bioinfomatics.cn/enzyme/login.php

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2楼2012-10-23 20:36:33
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weining1203

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2012-10-23 20:36:33
一般普通的克隆:设计连接反应时(10ul),一般50-100ng回收的酶切后载体DNA就足够了,而回收的酶切后的目的基因片段的分子数(摩尔数)为载体的分子的3-5倍。基于以上原则,一般载体酶切时需要1-2ugDNA,,考虑到回收 ...

回答的好详细,谢谢您!关于您说的这网站,我看过了,我买的TAKARA的QuickCut 内切酶,里面没有提到酶的单位U,向公司打电话问公司也说按说明书做就行,现在的内切酶不提供酶的具体单位了!所以这个网站我用不上呵呵!还有您说的摩尔数比怎么转化成浓度比?
3楼2012-10-23 21:35:50
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