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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 植物转录组测序
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 植物转录组测序 已有14人参与

最近设计实验，想弄清龙胆苷类代谢途径，首先想到了转录组测序，找代谢相关基因。龙胆的基因组还没有测序，测序后是无参照的。进行转录组测序有什么要求，需要注意哪些问题？可以选用拟南芥做参照进行功能注释吗？希望做过转录组的同志们指点指点，谢谢！
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追梦的人
1楼 2012-10-05 11:07:57
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
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先暂时把怎么分析这个问题放到一边，先请教一下这个实验打算怎么设计呢？
目的已经明确了：龙胆（物种）苷类代谢途径（对象）
那么：你手头是有这个苷类代谢的 异常表型（突变）株么？ 还是 通过某种刺激可以实现 明显改变这个苷类代谢途径？
如果都没有，仅仅是有这个植物……那么直接测个转录组|蛋白组，甚至基因组，对研究某个很具体的途径来说，都不会有多么好的提示作用。
大体意思其实就是：得有个对照组+实验组的组合
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5楼2012-11-23 08:56:11
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anan_1223

新虫 (初入文坛)
★
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说一下我的浅见哦！您想找苷累代谢途径在转录组层次上研究是对的，一般有两种方法，一个是利用数字化表达谱（高通量测序方法），一个是定制个性化基因芯片。不过因为龙胆没有基因组参照，基因芯片是没有办法实现的，只能从测序方面进行。这有个方案供您参考：首先需要找一个普通或者说是对照龙胆，测一下转录组，至于参考序列吗，用拟南芥也可以，不过我不知道龙胆和拟南芥在物种分类上差距有多大，最好找一个与龙胆最相近的测序完成的并且注释比较全的物种，这样做相当于构建了一个龙胆的转录组平台，对于您后期研究在转录组层次上的各个变化都是一个参照。接下来，就是您要准备处理和对照样品，其中对照可以与测序的那个一样，处理是相对于对照，苷类代谢变化比较大的（这部分我不是很懂，您看看是什么处理与苷类代谢有关），也可以设不同的时间点作为比较。之后对处理和对照样本进行数字化升级版表达谱测序，分析两者之间的差异，找出苷类代谢途径，这个费用很便宜，其实主要费用还是在平台构建，呵呵！希望对您有帮助，可以联系我，anan_1223@sina.com。相互探讨。
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7楼2012-12-07 09:39:14
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llyman

银虫 (小有名气)
★
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最近也在设计测序，但是有点担心对照和处理组测出来的结果差异不大，纠结中，怎么办
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9楼2013-01-21 20:19:58
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普通回帖

atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
★
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嗯.............
       木做过，帮顶，挺感兴趣的，希望有高手指点
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Let God do with it as He wills
2楼2012-10-05 11:25:46
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crab922

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有高手回复呀，我也很想学习这个。
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3楼2012-11-22 21:46:00
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德国工兵铲

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想学习这方面知识，期待高人出现
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4楼2012-11-22 23:03:04
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zhengck1983

铁虫 (初入文坛)
感兴趣
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6楼2012-11-23 10:55:55
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-23 08:56:11
先暂时把怎么分析这个问题放到一边，先请教一下这个实验打算怎么设计呢？
目的已经明确了：龙胆（物种）苷类代谢途径（对象）
那么：你手头是有这个苷类代谢的 异常表型（突变）株么？ 还是 通过某种刺激可以实现 ...

对照：龙胆的叶片；
实验组：龙胆的根
苷类代谢在根中合成和累积，在叶中则很少或没有
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追梦的人
8楼2012-12-09 17:45:04
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小小树虫

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用拟南芥做参考基因不一定有用的 个人认为参考价值不大
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10楼2013-03-08 10:35:59
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