| 查看: 4359 | 回复: 19 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zxd95至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
植物转录组测序 已有14人参与
|
||
| 最近设计实验，想弄清龙胆苷类代谢途径，首先想到了转录组测序，找代谢相关基因。龙胆的基因组还没有测序，测序后是无参照的。进行转录组测序有什么要求，需要注意哪些问题？可以选用拟南芥做参照进行功能注释吗？希望做过转录组的同志们指点指点，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有138人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 转录组测序 可行性
已经有12人回复
- 用Trinity进行de novo拼装
已经有16人回复
- 求助 高通量测序
已经有3人回复
- 谁给我讲解下miRNA调控的发展现状，想往这方面发展，多谢啊
已经有6人回复
- 抗寒胁迫下，做转录组测序的取样部位问题。
已经有6人回复
- 中科院植物所2012年度应届毕业生招聘启事
已经有8人回复
- 怎么进行转录组分析
已经有6人回复
- 上海晶能转录组测序可靠吗？
已经有5人回复
- 生命科学部非共识项目专家推荐意见公示
已经有5人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
| 说一下我的浅见哦！您想找苷累代谢途径在转录组层次上研究是对的，一般有两种方法，一个是利用数字化表达谱（高通量测序方法），一个是定制个性化基因芯片。不过因为龙胆没有基因组参照，基因芯片是没有办法实现的，只能从测序方面进行。这有个方案供您参考：首先需要找一个普通或者说是对照龙胆，测一下转录组，至于参考序列吗，用拟南芥也可以，不过我不知道龙胆和拟南芥在物种分类上差距有多大，最好找一个与龙胆最相近的测序完成的并且注释比较全的物种，这样做相当于构建了一个龙胆的转录组平台，对于您后期研究在转录组层次上的各个变化都是一个参照。接下来，就是您要准备处理和对照样品，其中对照可以与测序的那个一样，处理是相对于对照，苷类代谢变化比较大的（这部分我不是很懂，您看看是什么处理与苷类代谢有关），也可以设不同的时间点作为比较。之后对处理和对照样本进行数字化升级版表达谱测序，分析两者之间的差异，找出苷类代谢途径，这个费用很便宜，其实主要费用还是在平台构建，呵呵！希望对您有帮助，可以联系我，anan_1223@sina.com。相互探讨。 |
7楼2012-12-07 09:39:14
atlanticwi
金虫 (正式写手)
琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
- MolEPI: 25
- 应助: 138 (高中生)
- 金币: 141.2
- 散金: 350
- 红花: 13
- 帖子: 536
- 在线: 313.2小时
- 虫号: 1099992
- 注册: 2010-09-15
- 专业: 植物生理与生化
2楼2012-10-05 11:25:46
3楼2012-11-22 21:46:00
4楼2012-11-22 23:03:04
