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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

应助: 7 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 无机非金属材料

[交流] 植物转录组测序已有14人参与

最近设计实验，想弄清龙胆苷类代谢途径，首先想到了转录组测序，找代谢相关基因。龙胆的基因组还没有测序，测序后是无参照的。进行转录组测序有什么要求，需要注意哪些问题？可以选用拟南芥做参照进行功能注释吗？希望做过转录组的同志们指点指点，谢谢！

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追梦的人

1楼2012-10-05 11:07:57

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anan_1223

新虫 (初入文坛)

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虫号: 2157574
注册: 2012-11-30
专业: 植物病理学

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

说一下我的浅见哦！您想找苷累代谢途径在转录组层次上研究是对的，一般有两种方法，一个是利用数字化表达谱（高通量测序方法），一个是定制个性化基因芯片。不过因为龙胆没有基因组参照，基因芯片是没有办法实现的，只能从测序方面进行。这有个方案供您参考：首先需要找一个普通或者说是对照龙胆，测一下转录组，至于参考序列吗，用拟南芥也可以，不过我不知道龙胆和拟南芥在物种分类上差距有多大，最好找一个与龙胆最相近的测序完成的并且注释比较全的物种，这样做相当于构建了一个龙胆的转录组平台，对于您后期研究在转录组层次上的各个变化都是一个参照。接下来，就是您要准备处理和对照样品，其中对照可以与测序的那个一样，处理是相对于对照，苷类代谢变化比较大的（这部分我不是很懂，您看看是什么处理与苷类代谢有关），也可以设不同的时间点作为比较。之后对处理和对照样本进行数字化升级版表达谱测序，分析两者之间的差异，找出苷类代谢途径，这个费用很便宜，其实主要费用还是在平台构建，呵呵！希望对您有帮助，可以联系我，anan_1223@sina.com。相互探讨。