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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 植物转录组测序已有14人参与

最近设计实验,想弄清龙胆苷类代谢途径,首先想到了转录组测序,找代谢相关基因。龙胆的基因组还没有测序,测序后是无参照的。进行转录组测序有什么要求,需要注意哪些问题?可以选用拟南芥做参照进行功能注释吗?希望做过转录组的同志们指点指点,谢谢!
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追梦的人
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

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5楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-23 08:56:11
先暂时把怎么分析这个问题放到一边,先请教一下这个实验打算怎么设计呢?
目的已经明确了:龙胆(物种)苷类代谢途径(对象)
那么:你手头是有这个苷类代谢的 异常表型(突变)株么? 还是 通过某种刺激可以实现 ...

对照:龙胆的叶片;
实验组:龙胆的根
苷类代谢在根中合成和累积,在叶中则很少或没有
追梦的人
8楼2012-12-09 17:45:04
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by lyp_163 at 2013-12-18 15:48:02
也非常想了解植物转录组测序的问题,很想问一下必须要设计对照组+实验组的组合吗?材料同样是无参考基因组,比如只想分析材料中和成花相关的基因,可行吗?新手,谢谢...

可以取成花前后不同时间点进行转录组测序,差异表达的基因可能是与成花相关的基因!
追梦的人
15楼2013-12-19 21:07:37
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by lyp_163 at 2013-12-23 11:44:18
谢谢。也就是必须用两份材料进行比较吗?因为要考虑费用问题,能不能测一份,然后在NCBI比对呢?...

一份材料怎么找差异基因?
追梦的人
17楼2013-12-29 00:32:36
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