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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 植物转录组测序
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cxfy61910

铁虫 (初入文坛)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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8楼: Originally posted by zxd95 at 2012-12-09 17:45:04
对照：龙胆的叶片；
实验组：龙胆的根
苷类代谢在根中合成和累积，在叶中则很少或没有...

我觉得你这样的设计有点问题，叶片和根中本来就有很多特异表达的基因，这两者转录组测序后比对出的差异基因很大一部分应该跟你研究的无关。我认为既然苷类是在根中合成和积累，那就应该测根的。对照为正常龙胆根，实验组是经过处理过的龙胆根（具体处理查一下文献吧，我也不清楚）
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11楼2013-03-08 11:13:18
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grape_vine

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by zxd95 at 2012-12-09 17:45:04
对照：龙胆的叶片；
实验组：龙胆的根
苷类代谢在根中合成和累积，在叶中则很少或没有...

你这个对照。。。。。。本身差别也太大了，测出来怕是说不清楚阿
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12楼2013-07-03 17:10:22
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脱水拂空

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你这个应该以根为对照 用一种药物处理使其代谢途径受阻或者此途径的突变体最好 这样才能更有针对性
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13楼2013-07-03 23:59:54
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lyp_163

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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5楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-23 08:56:11
先暂时把怎么分析这个问题放到一边，先请教一下这个实验打算怎么设计呢？
目的已经明确了：龙胆（物种）苷类代谢途径（对象）
那么：你手头是有这个苷类代谢的 异常表型（突变）株么？ 还是 通过某种刺激可以实现 ...

也非常想了解植物转录组测序的问题，很想问一下必须要设计对照组+实验组的组合吗？材料同样是无参考基因组，比如只想分析材料中和成花相关的基因，可行吗？新手，谢谢
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14楼2013-12-18 15:48:02
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by lyp_163 at 2013-12-18 15:48:02
也非常想了解植物转录组测序的问题，很想问一下必须要设计对照组+实验组的组合吗？材料同样是无参考基因组，比如只想分析材料中和成花相关的基因，可行吗？新手，谢谢...

可以取成花前后不同时间点进行转录组测序，差异表达的基因可能是与成花相关的基因！
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追梦的人
15楼2013-12-19 21:07:37
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lyp_163

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by zxd95 at 2013-12-19 21:07:37
可以取成花前后不同时间点进行转录组测序，差异表达的基因可能是与成花相关的基因！...

谢谢。也就是必须用两份材料进行比较吗？因为要考虑费用问题，能不能测一份，然后在NCBI比对呢？
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16楼2013-12-23 11:44:18
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lyp_163 at 2013-12-23 11:44:18
谢谢。也就是必须用两份材料进行比较吗？因为要考虑费用问题，能不能测一份，然后在NCBI比对呢？...

一份材料怎么找差异基因？
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追梦的人
17楼2013-12-29 00:32:36
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lyp_163

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by lyp_163 at 2013-12-23 11:44:18
谢谢。也就是必须用两份材料进行比较吗？因为要考虑费用问题，能不能测一份，然后在NCBI比对呢？...

看来材料的选择很重要，非常感谢
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18楼2013-12-30 15:16:41
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新虫 (初入文坛)
感兴趣
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19楼2015-04-13 14:06:41
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英子～

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 小小树虫 at 2013-03-08 10:35:59
用拟南芥做参考基因不一定有用的 个人认为参考价值不大

同意楼上
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20楼2016-11-15 16:14:31
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