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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 植物转录组测序
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 植物转录组测序 已有14人参与

最近设计实验，想弄清龙胆苷类代谢途径，首先想到了转录组测序，找代谢相关基因。龙胆的基因组还没有测序，测序后是无参照的。进行转录组测序有什么要求，需要注意哪些问题？可以选用拟南芥做参照进行功能注释吗？希望做过转录组的同志们指点指点，谢谢！
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追梦的人
1楼 2012-10-05 11:07:57
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cxfy61910

铁虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
8楼: Originally posted by zxd95 at 2012-12-09 17:45:04
对照：龙胆的叶片；
实验组：龙胆的根
苷类代谢在根中合成和累积，在叶中则很少或没有...

我觉得你这样的设计有点问题，叶片和根中本来就有很多特异表达的基因，这两者转录组测序后比对出的差异基因很大一部分应该跟你研究的无关。我认为既然苷类是在根中合成和积累，那就应该测根的。对照为正常龙胆根，实验组是经过处理过的龙胆根（具体处理查一下文献吧，我也不清楚）
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11楼2013-03-08 11:13:18
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
嗯.............
       木做过，帮顶，挺感兴趣的，希望有高手指点
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Let God do with it as He wills
2楼2012-10-05 11:25:46
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crab922

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有高手回复呀，我也很想学习这个。
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3楼2012-11-22 21:46:00
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德国工兵铲

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想学习这方面知识，期待高人出现
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4楼2012-11-22 23:03:04
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