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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊
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tjuwyn

新虫 (小有名气)

[求助] 各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊

刚刚接触Amber，遇到一个问题：
需要对一个两条链的蛋白质进行MD，该蛋白质中含有一个Ni离子（两条链都与Ni存在螯合键）。在用Amber对其进行分子动力学时，需要定义这个Ni离子（不定义该离子的话，Amber会报错）：也就是需要生成它的.lib文件，还有要建立它的.frcmod文件。现在我在构建.frcmod文件时遇到困难，我不知道NI的参数。看教程里的例子，需要指出NI的MASS，Nonbond等信息。去哪查NI的参数信息啊。。。。Amber的数据库里只有Fe,Zn,Mn的参数信息
哪位大侠用Amber做过含有金属离子的体系的MD啊，求帮助！如何获得Amber的金属离子参数???
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1楼 2012-09-10 01:03:26
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b2bbb

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:30:34
那你真的碰到大问题啦！这个做起来非常繁琐，有些参数可以通过量化计算得到，比如范德华相关参数，但静电相互作用就不好弄啦。虽然通过量化也可得到部分电荷，但前提是你必须知道Ni的价位，因为配位价不好确定。
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2楼2012-09-10 11:57:46
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-09-11 14:26:02
可以用GAUSSIAN来进行金属离子的相关信息的计算。如键长，键角等。建议楼主在小木虫论坛内搜索一下，有个AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力场的教程。写的非常棒！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具体可以参看这个教程。
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努力的生活着
3楼2012-09-11 10:08:15
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tjuwyn

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-09-11 10:08:15
可以用GAUSSIAN来进行金属离子的相关信息的计算。如键长，键角等。建议楼主在小木虫论坛内搜索一下，有个AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力场的教程。写的非常棒！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具体 ...

必须得自己计算吗？有没有现成的参数可以拿来用的？
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4楼2012-09-11 11:54:13
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-11 15:13:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-09-11 10:08:15
可以用GAUSSIAN来进行金属离子的相关信息的计算。如键长，键角等。建议楼主在小木虫论坛内搜索一下，有个AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力场的教程。写的非常棒！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具体 ...

这个也不一定。要看你研究的体系是不是已经有现成的已经做好的一套参数。一般要是有的话可以下载。这个就需要自己去检索了。如果没有现成的参数就需要自己从头构建了。
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努力的生活着
5楼2012-09-11 14:45:03
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晚致蒙尘

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2018-10-16 20:57:47
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