| 查看: 2870 | 回复: 5 | ||||
[求助]
各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊
|
|
刚刚接触Amber，遇到一个问题： 需要对一个两条链的蛋白质进行MD，该蛋白质中含有一个Ni离子（两条链都与Ni存在螯合键）。在用Amber对其进行分子动力学时，需要定义这个Ni离子（不定义该离子的话，Amber会报错）：也就是需要生成它的.lib文件，还有要建立它的.frcmod文件。现在我在构建.frcmod文件时遇到困难，我不知道NI的参数。  看教程里的例子，需要指出NI的MASS，Nonbond等信息。去哪查NI的参数信息啊。。。。Amber的数据库里只有Fe,Zn,Mn的参数信息哪位大侠用Amber做过含有金属离子的体系的MD啊，求帮助！如何获得Amber的金属离子参数??? |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有41人回复
-
回收溶剂求助
已经有7人回复
-
硝基苯如何除去
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有17人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有22人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 母离子和子离子参数优化
已经有12人回复
- 编辑来信，不懂，求大侠帮忙翻译！
已经有8人回复
- gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
已经有10人回复
- 经典分子动力学力场、势函数
已经有9人回复
- 请问如何用Autodock 4处理蛋白中的金属离子
已经有5人回复
- Gaussian中怎么设定金属离子的带电等问题
已经有3人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- 小分子top获得方法
已经有4人回复
- 关于膜对蛋白质吸附量的表示方法
已经有4人回复
- 分子动力学如何判断蛋白质组氨酸的质子化状态
已经有8人回复
- 请问用分子对接能否模拟含有金属离子的体系，谢谢
已经有6人回复
- 各位大侠，小弟用Fmoc-cl 保护氨基。如何进行后处理啊？
已经有10人回复
- 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
已经有21人回复
2楼2012-09-10 11:57:46
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8272.5
- 散金: 58
- 红花: 4
- 帖子: 368
- 在线: 254.3小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-09-11 14:26:02
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-09-11 14:26:02
| 可以用GAUSSIAN来进行金属离子的相关信息的计算。如键长，键角等。建议楼主在小木虫论坛内搜索一下，有个AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力场的教程。写的非常棒！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具体可以参看这个教程。 |
3楼2012-09-11 10:08:15
4楼2012-09-11 11:54:13
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8272.5
- 散金: 58
- 红花: 4
- 帖子: 368
- 在线: 254.3小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-09-11 14:45:03
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2018-10-16 20:57:47