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各位大侠来帮忙，含金属离子的蛋白质进行分子动力学，怎么获得金属离子的参数信息啊
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刚刚接触Amber，遇到一个问题： 需要对一个两条链的蛋白质进行MD，该蛋白质中含有一个Ni离子（两条链都与Ni存在螯合键）。在用Amber对其进行分子动力学时，需要定义这个Ni离子（不定义该离子的话，Amber会报错）：也就是需要生成它的.lib文件，还有要建立它的.frcmod文件。现在我在构建.frcmod文件时遇到困难，我不知道NI的参数。  看教程里的例子，需要指出NI的MASS，Nonbond等信息。去哪查NI的参数信息啊。。。。Amber的数据库里只有Fe,Zn,Mn的参数信息哪位大侠用Amber做过含有金属离子的体系的MD啊，求帮助！如何获得Amber的金属离子参数??? |
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 amber |
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2楼2012-09-10 11:57:46
wangyan10
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| 可以用GAUSSIAN来进行金属离子的相关信息的计算。如键长，键角等。建议楼主在小木虫论坛内搜索一下，有个AMBER+GAUSSIAN一起做小分子力场的教程。写的非常棒！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985具体可以参看这个教程。 |
3楼2012-09-11 10:08:15
4楼2012-09-11 11:54:13
wangyan10
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