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lovestrings

金虫 (小有名气)

[求助] 引物设计,新手求助

现在想设计一段引物,因为是新手,只知道用primer软件,但是不知道应该做哪些准备,比方说需不需要基因的序列,还有引物设计的流程也不清楚,请大师们指点一下,主要是帮我扫个盲~~
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robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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lovestrings: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢~~ 2012-07-29 09:02:38
取决于你已知信息和所要扩增的片段。如果只是知道蛋白质序列,没有DNA序列,那就需要设计简并引物,需要知道所研究物种的密码子的偏好性,选择简并密码子较少的氨基酸等等;如果知道DNA序列,为了通过扩增得到片段,那就比较简单,可以用NCBI上的primer select进行,只需要把序列输入进去,把对引物的要求(比如扩增长度和位置等),搜索即可得到很多条引物。选择的时候,一般避开3‘端是A,这样引发PCR反应的效率较低。网上有很多相关信息。
2楼2012-07-28 21:32:01
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zhleiD

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-30 14:32:05
lovestrings: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢啦!! 2012-08-02 09:38:00
Tm应该在55~70度之间,GC%应该在45%~55%间,上游引物和下游引物的Tm值最好不要相差太多,大概在2度以下较好。关于这方面的网上挺多的。
3楼2012-07-30 11:17:16
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