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wuyuan1992

金虫 (正式写手)

[求助] 为什么做PCR时候模板浓度高了会扩增不出目的片段?

在做真菌ITS序列扩增鉴定种属的时候,师兄让我将总DNA梯度稀释,分别取原液、稀释十倍、稀释一百倍的总DNA作为模板进行PCR扩增。因为凭师兄的经验而谈,有时候可能总DNA浓度太高会导致扩增不出,一次性梯度稀释扩增出目的产物的可能性会很高。
     我想问的问题是:
     1、为什么总DNA浓度高作为模板会导致扩增不出东西?
     2、PCR时对于模板的浓度有什么规定么?
   希望各位虫友能够帮忙解答,在此谢过~
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非淡泊无以明志,非宁静无以致远。
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cynthia8225

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖@! 2012-07-25 20:33:56
这个问题我是这么理解的DNA浓度太高了会导致非特异性扩增的上升,然后就是当你的DNA浓度高的时候,由于你的是总DNA,所以蛋白含量也会上升影响PCR反应体系,再就是DNA是具有高级结构的,浓度过高对你的引物结合并不是很好!
2楼2012-07-25 14:41:29
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wuyuan1992: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢!我感觉很有道理~ 2012-07-26 07:45:19
同意楼上提的几条

我考虑还有其他原因,如下
1 模板浓度过高,在退火时模板会和引物竞争,模板与模板互相结合
2 在前几轮PCR反应中,引物只是不断反复和模板结合,和产物结合较少
3 模板浓度过高,最终电泳时会有条带弥散

至于最佳浓度,参考分子克隆实验指南的说法,用哺乳动物基因组DNA做模板时,每个PCR反应所加入DNA约为1 微克,而酵母,细菌与质粒DNA作为模板时,典型模板量应为10 ng,1 ng和1 pg
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
3楼2012-07-26 00:06:10
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普通回帖

215421160

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
另外就是,看你的DNA是从什么地方提取的了,从某些样品例如粪便中提取,会有很多Inhibitor,因而稀释一下就会扩出来。楼上几位讲得很好,我只是补充一下。
4楼2012-07-26 02:40:24
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wuyuan1992

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cynthia8225 at 2012-07-25 14:41:29
这个问题我是这么理解的DNA浓度太高了会导致非特异性扩增的上升,然后就是当你的DNA浓度高的时候,由于你的是总DNA,所以蛋白含量也会上升影响PCR反应体系,再就是DNA是具有高级结构的,浓度过高对你的引物结合并不 ...

非常感谢~
非淡泊无以明志,非宁静无以致远。
5楼2012-07-26 07:45:50
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wuyuan1992

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 215421160 at 2012-07-26 02:40:24
另外就是,看你的DNA是从什么地方提取的了,从某些样品例如粪便中提取,会有很多Inhibitor,因而稀释一下就会扩出来。楼上几位讲得很好,我只是补充一下。

嘿嘿,我的DNA是提取的真菌的总DNA,是液体纯培养发酵的菌丝~非常感谢你的补充~
非淡泊无以明志,非宁静无以致远。
6楼2012-07-26 07:46:53
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
7楼2012-07-26 08:12:01
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geek23

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by starseacow at 2012-07-26 00:06:10
同意楼上提的几条

我考虑还有其他原因,如下
1 模板浓度过高,在退火时模板会和引物竞争,模板与模板互相结合
2 在前几轮PCR反应中,引物只是不断反复和模板结合,和产物结合较少
3 模板浓度过高,最终电泳时 ...

学习了!
Bethechangeyouwishtosee.
8楼2012-07-26 08:17:10
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小灰灰128

金虫 (正式写手)

仔细看一下DNA聚合酶的说明书,上面有详细的PCR反应体系,反应中各个成分的用量都有说明的。祝好!
9楼2012-07-26 08:23:24
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newmeer

新虫 (初入文坛)

正在为这个事情发愁,感谢!
10楼2013-03-01 16:52:10
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