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waldenpond

金虫 (著名写手)

[求助] DGGE不同的样本却同样的条带

最近做DGGE,做了两三批样本。每次做,同批样本总是跑出同样的条带(一模一样)。根据我收集的资料,这几个样本的条带应该是有不同的(出现特异性条带)。下面是我的图片,大家看一下,什么原因会导致这种情况啊?
10、18、64、66是样本号,B1……B6是条带编码,其中几个暗的条带我没有编码,但4个样本都是一样的。(DGGE空白对照组(也就是以dd水为模板的PCR产物跑DGGE)未出现任何条带。)
我初步的分析是:1.污染(但我真怀疑每次污染都一模一样,太巧了)
2.可能每个条带代表多种细菌,将条带回收测序结果可能包含自己想要的特异性细菌。
大家怎么认为,帮我分析一下原因吧。多谢!

(这是最近一次DGGE)

(之前一次DGGE:条带基本一样,但样本是不一样的)

[ Last edited by waldenpond on 2012-7-16 at 14:04 ]
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waldenpond

金虫 (著名写手)

2楼2012-07-20 14:37:39
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佳佳cathy

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

3楼2012-11-03 09:48:58
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wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)

关键是什么样本啊,为什么就一定是不同的?
4楼2012-11-03 14:42:33
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dreamshaker

铜虫 (正式写手)

把你样本的类型,以及样本的环境描述一下,我们以前做污水处理DGGE也遇到过这种情况

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

踏踏实实,体会科研的乐趣
5楼2012-11-10 16:12:57
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wangning__

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by dreamshaker at 2012-11-10 16:12:57
把你样本的类型,以及样本的环境描述一下,我们以前做污水处理DGGE也遇到过这种情况

你好我想请教你一下,不同样品的DGGE条带是一样的,无法对比之间的区别,你后来怎么处理了呢?
乌拉拉
6楼2013-01-21 12:08:26
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