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distant616

金虫 (小有名气)

[求助] Q_PCR结果,请高手指点一下

首先,我想问一下,Q_PCR的结果是不是可以正常的跑电泳,应该能够出现目的条带;第二,我的溶解曲线是单峰,扩增曲线也还可以,但是为什么跑电泳,竟然什么也没用呢。第三,NTC也有出现单峰,怀疑是不是被污染了,还有就是标准曲线做的还可以,所以判断并不确定。
一下是扩增曲线和溶解曲线以及跑电泳的结果,请大家帮忙分析一下,谢谢。我这小硕在此感激不尽。
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  • 2012-07-12 11:35:25, 121.5 K

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yanqindeng

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
distant616: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-15 09:29:58
电泳出来这样子的结果是正常的。
我看到标准曲线低浓度的Ct值可能有些偏差,说明引物的扩增效率可能有点低。模板浓度较高时的结果可信(图中前三个点),但模板浓度较低的时候可能有点问题。
即使引物扩增效率较高,引物特异性较好,跑琼脂糖电泳还是可能会出现这样子的结果,具体原因我以前好像在网上看见过,但是想不起来了。
如果你需要产物,最好还是采用普通PCR。
4楼2012-07-13 17:28:13
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普通回帖

bondy22

铁杆木虫 (著名写手)

看不懂,请高手解答一下吧
奔与夲
2楼2012-07-12 14:04:23
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vivanslum

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ymnh: 金币+1, 积极参与交流,欢迎常来环境版 2012-07-12 19:37:16
溶解曲线很好啊,都没有杂峰。
那电泳你试过几次了,都是同样结果么?
普通PCR,同样电泳条件都有很清楚的条带么?

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心若调适,道可得矣;清净安乐,道不失矣
3楼2012-07-12 15:21:03
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distant616

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by vivanslum at 2012-07-12 15:21:03
溶解曲线很好啊,都没有杂峰。
那电泳你试过几次了,都是同样结果么?
普通PCR,同样电泳条件都有很清楚的条带么?

普通电泳都是P不出来的,电泳我跑过三次,都是相同的结果。
5楼2012-07-15 09:29:34
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distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yanqindeng at 2012-07-13 17:28:13
电泳出来这样子的结果是正常的。
我看到标准曲线低浓度的Ct值可能有些偏差,说明引物的扩增效率可能有点低。模板浓度较高时的结果可信(图中前三个点),但模板浓度较低的时候可能有点问题。
即使引物扩增效率较高 ...

我样品的顺序是,第一个是NTC,接下来四个是Sample,剩下的三个是质粒。我用普通PCR都P不出来,不知道能否给写什么意见,我的引物条件已经优化了,标准的质粒是能够P出来的,但是样品还是P不出来。
6楼2012-07-15 09:32:05
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distant616

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yanqindeng at 2012-07-13 17:28:13
电泳出来这样子的结果是正常的。
我看到标准曲线低浓度的Ct值可能有些偏差,说明引物的扩增效率可能有点低。模板浓度较高时的结果可信(图中前三个点),但模板浓度较低的时候可能有点问题。
即使引物扩增效率较高 ...

普通的PCR我P不出来啊,条件已经优化了,用标准质粒做参考,标准质粒是有目的条带的,而我的样品依旧没有。请问,能够给些什么好的意见吗?
7楼2012-07-15 09:33:34
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yanqindeng

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


bestlike: 金币+1, 鼓励新虫交流! 2012-07-16 11:28:44
阳性对照P出来,而样品P不出来,可能原因是:1. 样品中目标基因浓度太低,超出检测范围;2. 引物针对的基因可能在你的样品中不存在。
可以考虑:
1. 继续优化,如增加镁离子、BSA牛血清蛋白,产物扩增时间是否够?
2.换引物。每对引物都有自己的扩增范围,不是万能的。

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8楼2012-07-16 10:57:37
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distant616

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by yanqindeng at 2012-07-16 10:57:37
阳性对照P出来,而样品P不出来,可能原因是:1. 样品中目标基因浓度太低,超出检测范围;2. 引物针对的基因可能在你的样品中不存在。
可以考虑:
1. 继续优化,如增加镁离子、BSA牛血清蛋白,产物扩增时间是否够? ...

扩增时间肯定在,我觉得是基因浓度太低了,我想知道能够怎么样提高基因浓度呢?
9楼2012-07-16 18:24:35
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yanqindeng

金虫 (正式写手)


bestlike: 金币+1, 鼓励新虫! 2012-07-17 15:08:07
引用回帖:
9楼: Originally posted by distant616 at 2012-07-16 18:24:35
扩增时间肯定在,我觉得是基因浓度太低了,我想知道能够怎么样提高基因浓度呢?...

那就是把样品模板浓度增加。我以前试过把PCR产物放在高温环境(50-60度)下一段时间(根据样品体积来掌握)后在再回收。需要注意不要烘干了。

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10楼2012-07-17 14:58:55
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