| 查看: 2885 | 回复: 10 | |||
[求助]
求助关于solvate的一些疑惑
|
|
请问怎么判断溶解蛋白的水球是否足够大，我一直使用vmd的wat_sphere.tcl脚本将蛋白溶解于水溶液中，vmd 中看到的蛋白质肽链的末段好像有一部分在水球的外面。。。。。。。 有没有什么方法可以稍微增大水球的大小呀？求指点 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 我学习计算的一些帖子 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
308求调剂
已经有4人回复
-
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有6人回复
-
化学调剂0703
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有7人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有24人回复
-
中科院材料273求调剂
已经有3人回复
-
材料工程专硕274一志愿211求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助求助~~~关于套磁滴一些疑问~！
已经有21人回复
- 关于洪堡申请中的pulications list 中的一些疑惑
已经有8人回复
- 关于海外博后的一些疑惑
已经有8人回复
- 关于免疫组化SABC法的一些疑惑？
已经有3人回复
- 关于可用于保健食品的物品是不允许用于普通食品的一些疑惑
已经有11人回复
- 求助关于硅橡胶课题现在哪一个方向好一些！
已经有8人回复
- 关于VASP一些琐事的求助（K点，吸附优化等）
已经有12人回复
- 关于信号肽的一些疑惑
已经有10人回复
- 【求助】关于GPA的一些问题
已经有3人回复
- 【求助】关于计算NICS（核独立化学位移）的一些疑问A
已经有3人回复
- 【求助】关于自旋多重度（基态vs激发态）的一些疑问
已经有9人回复
- 【求助/交流】MTT实验，24孔板接种细胞的一些疑惑
已经有15人回复
- 【求助】关于PL的一点疑惑
已经有4人回复
2楼2012-07-01 16:47:22
3楼2012-07-01 21:57:25
4楼2012-07-01 23:45:27
|
### Script to immerse ubiquitin in a sphere of water just large enough ### to cover it set molname xia41h mol new ${molname}.psf mol addfile ${molname}.pdb ### Determine the center of mass of the molecule and store the coordinates set cen [measure center [atomselect top all] weight mass] set x1 [lindex $cen 0] set y1 [lindex $cen 1] set z1 [lindex $cen 2] set max 0 ### Determine the distance of the farthest atom from the center of mass foreach atom [[atomselect top all] get index] { set pos [lindex [[atomselect top "index $atom"] get {x y z}] 0] set x2 [lindex $pos 0] set y2 [lindex $pos 1] set z2 [lindex $pos 2] set dist [expr pow(($x2-$x1)*($x2-$x1) + ($y2-$y1)*($y2-$y1) + ($z2-$z1)*($z2-$z1),0.5)] if {$dist > $max} {set max $dist} } mol delete top ### Solvate the molecule in a water box with enough padding (20 A). ### One could alternatively align the molecule such that the vector ### from the center of mass to the farthest atom is aligned with an axis, ### and then use no padding package require solvate solvate ${molname}.psf ${molname}.pdb -t 20 -o del_water resetpsf package require psfgen mol new del_water.psf mol addfile del_water.pdb readpsf del_water.psf coordpdb del_water.pdb ### Determine which water molecules need to be deleted and use a for loop ### to delete them set wat [atomselect top "same residue as {water and ((x-$x1)*(x-$x1) + (y-$y1)*(y-$y1) + (z-$z1)*(z-$z1))<($max*$max)}"] set del [atomselect top "water and not same residue as {water and ((x-$x1)*(x-$x1) + (y-$y1)*(y-$y1) + (z-$z1)*(z-$z1))<($max*$max)}"] set seg [$del get segid] set res [$del get resid] set name [$del get name] for {set i 0} {$i < [llength $seg]} {incr i} { delatom [lindex $seg $i] [lindex $res $i] [lindex $name $i] } writepsf ${molname}_ws.psf writepdb ${molname}_ws.pdb mol delete top mol new ${molname}_ws.psf mol addfile ${molname}_ws.pdb puts "CENTER OF MASS OF SPHERE IS: [measure center [atomselect top all] weight mass]" puts "RADIUS OF SPHERE IS: $max" mol delete top 我对solvate ${molname}.psf ${molname}.pdb -t 20 -o del_water这一行命令不是很懂。。。。。还有版主一般使用什么工具来进行溶剂化呀，昨天试了下packmol，但只是得到了pdb文件，不知道psf文件怎么得到？ |
5楼2012-07-02 09:43:13
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhongshun: 金币+20, ★有帮助 2012-07-02 17:24:03
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-02 18:34:30
zhongshun: 金币+20, ★有帮助 2012-07-02 17:24:03
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-02 18:34:30
|
个人认为，最好用的是VMD 要读懂这个脚本是什么意思： 一、在论坛里找到tcl脚本的教程，仔细看看 二、对照VMD手册，把这个脚本中每个命令搞懂 “我对solvate ${molname}.psf ${molname}.pdb -t 20 -o del_water这一行命令不是很懂”，你在VMD TkConsole 中输入“solvate” ，然后回车就会出现这个插件的详细解释。 别嫌麻烦，做MD模拟，我个人觉得VMD的功能非常强大，非常好用，学习一下tcl脚本语言和VMD手册，对你建模，后处理，轨迹分析都会非常有益。 |
6楼2012-07-02 10:35:15
7楼2012-07-02 18:14:16
zmz148002989
新虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 878.3
- 散金: 15
- 帖子: 18
- 在线: 234.6小时
- 虫号: 1367330
- 注册: 2011-08-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2012-07-18 20:52:46
9楼2012-07-18 23:18:32
送红花一朵 |
本帖内容被屏蔽 |
10楼2023-03-23 15:02:48
