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[求助]
求助关于solvate的一些疑惑
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请问怎么判断溶解蛋白的水球是否足够大，我一直使用vmd的wat_sphere.tcl脚本将蛋白溶解于水溶液中，vmd 中看到的蛋白质肽链的末段好像有一部分在水球的外面。。。。。。。 有没有什么方法可以稍微增大水球的大小呀？求指点 |
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【答案】应助回帖
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zhongshun: 金币+20, ★有帮助 2012-07-02 17:24:03
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-02 18:34:30
zhongshun: 金币+20, ★有帮助 2012-07-02 17:24:03
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-02 18:34:30
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个人认为，最好用的是VMD 要读懂这个脚本是什么意思： 一、在论坛里找到tcl脚本的教程，仔细看看 二、对照VMD手册，把这个脚本中每个命令搞懂 “我对solvate ${molname}.psf ${molname}.pdb -t 20 -o del_water这一行命令不是很懂”，你在VMD TkConsole 中输入“solvate” ，然后回车就会出现这个插件的详细解释。 别嫌麻烦，做MD模拟，我个人觉得VMD的功能非常强大，非常好用，学习一下tcl脚本语言和VMD手册，对你建模，后处理，轨迹分析都会非常有益。 |
6楼2012-07-02 10:35:15
2楼2012-07-01 16:47:22
3楼2012-07-01 21:57:25
4楼2012-07-01 23:45:27