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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助关于solvate的一些疑惑

请问怎么判断溶解蛋白的水球是否足够大，我一直使用vmd的wat_sphere.tcl脚本将蛋白溶解于水溶液中，vmd 中看到的蛋白质肽链的末段好像有一部分在水球的外面。。。。。。。
有没有什么方法可以稍微增大水球的大小呀？求指点
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1楼 2012-07-01 16:39:05
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:52:46
现在MD中，已经很少人用球形水模型了。 为什么不用立体的呢？ 立体模型的调整很方便，VMD中的TCL脚本就可以简单实现。

为什么很少人用水球模型呀？难道水球模型的效果不好吗？
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9楼2012-07-18 23:18:32
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-01 17:46:25
你所说的水球是什么意思？

是溶液的形状是球状的吗？

那你把球状的半径增大一些不就可以了吗？
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2楼2012-07-01 16:47:22
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
溶液的形状是球状的，但是怎么在wat_sphere.tcl脚本中增加水球的半径呢，是改变哪个参数呀？希望版主能具体指导
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3楼2012-07-01 21:57:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-02 09:15:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongshun at 2012-07-01 21:57:25
溶液的形状是球状的，但是怎么在wat_sphere.tcl脚本中增加水球的半径呢，是改变哪个参数呀？希望版主能具体指导

你需要把 wat_sphere.tcl 中的每个命令看明白，你就知道怎么修改了。

PS
我这里没有你所说的这个脚本，无法得知
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4楼2012-07-01 23:45:27
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