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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助关于solvate的一些疑惑

请问怎么判断溶解蛋白的水球是否足够大,我一直使用vmd的wat_sphere.tcl脚本将蛋白溶解于水溶液中,vmd 中看到的蛋白质肽链的末段好像有一部分在水球的外面。。。。。。。
有没有什么方法可以稍微增大水球的大小呀?求指点
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 20:52:46
现在MD中,已经很少人用球形水模型了。 为什么不用立体的呢? 立体模型的调整很方便,VMD中的TCL脚本就可以简单实现。

为什么很少人用水球模型呀?难道水球模型的效果不好吗?
9楼2012-07-18 23:18:32
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-01 17:46:25
你所说的水球是什么意思?

是溶液的形状是球状的吗?

那你把球状的半径增大一些不就可以了吗?
2楼2012-07-01 16:47:22
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

溶液的形状是球状的,但是怎么在wat_sphere.tcl脚本中增加水球的半径呢,是改变哪个参数呀?希望版主能具体指导
3楼2012-07-01 21:57:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-02 09:15:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongshun at 2012-07-01 21:57:25
溶液的形状是球状的,但是怎么在wat_sphere.tcl脚本中增加水球的半径呢,是改变哪个参数呀?希望版主能具体指导

你需要把 wat_sphere.tcl 中的每个命令看明白,你就知道怎么修改了。

PS
我这里没有你所说的这个脚本,无法得知
4楼2012-07-01 23:45:27
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