应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » MD程序升温这一步大家一般都跑多少，进来交流一下
71/1返回列表
查看: 1805  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

870609

金虫 (小有名气)

[交流] MD程序升温这一步大家一般都跑多少，进来交流一下

最近在用ds分布跑分子动力学，做到heating or cooling这一步时，以0.001ps为步长，总共100000步计算3天报错，显示unknown error，不知是什么地方出了问题，请各位指正，谢谢。还想向大家请教，一般在做这步计算的时候，计算多大步长和总时间合适？谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-28 16:14:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rush7

金虫 (小有名气)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
我用lammps，可能不大一样，十几万的体系3万步就OK了。能量稳定了就行呗
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-28 20:41:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rush7 at 2012-06-28 20:41:32
我用lammps，可能不大一样，十几万的体系3万步就OK了。能量稳定了就行呗

温度是从50k升到300k么？请问你做的时候步长是多少？也是0.001ps吗？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-29 07:05:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rush7

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-29 17:30:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-29 07:05:38
温度是从50k升到300k么？请问你做的时候步长是多少？也是0.001ps吗？谢谢...

步长和材料有关系啊 可比性也不大~
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-29 12:41:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chen_kg

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
870609(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-29 17:30:34
对有的带缺陷的结构来说，弛豫时间过长，确实会导致结构崩溃。我一般是共轭梯度法将能量最小化后升温到结构熔点的70%，再冷却以获得稳定结构。哪怕是上千万个原子的金属结构，这个过程也不会超过8W步。
一般来说，弛豫过程的时间大概是2*弹性波在结构最长方向的传播时间。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-06-29 17:05:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
我想问一下您，DS分部跑的时候如果出现error ：CHARMm does not finish successfully.这个是怎么回事的啊？
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-03 15:31:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

851086861

铜虫 (初入文坛)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouzhiguang at 2012-11-03 15:31:15
我想问一下您，DS分部跑的时候如果出现error ：CHARMm does not finish successfully.这个是怎么回事的啊？

请问您解决了吗，我也遇到了同样的问题
赞一下 回复此楼
7楼2022-08-13 17:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 870609 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-09-02 00:19 by xiangy672
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭