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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » MD程序升温这一步大家一般都跑多少，进来交流一下
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870609

金虫 (小有名气)

[交流] MD程序升温这一步大家一般都跑多少，进来交流一下

最近在用ds分布跑分子动力学，做到heating or cooling这一步时，以0.001ps为步长，总共100000步计算3天报错，显示unknown error，不知是什么地方出了问题，请各位指正，谢谢。还想向大家请教，一般在做这步计算的时候，计算多大步长和总时间合适？谢谢
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1楼 2012-06-28 16:14:05
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rush7

金虫 (小有名气)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
我用lammps，可能不大一样，十几万的体系3万步就OK了。能量稳定了就行呗
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2楼2012-06-28 20:41:32
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870609

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rush7 at 2012-06-28 20:41:32
我用lammps，可能不大一样，十几万的体系3万步就OK了。能量稳定了就行呗

温度是从50k升到300k么？请问你做的时候步长是多少？也是0.001ps吗？谢谢
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3楼2012-06-29 07:05:38
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rush7

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-29 17:30:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-29 07:05:38
温度是从50k升到300k么？请问你做的时候步长是多少？也是0.001ps吗？谢谢...

步长和材料有关系啊 可比性也不大~
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4楼2012-06-29 12:41:30
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chen_kg

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
870609(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-29 17:30:34
对有的带缺陷的结构来说，弛豫时间过长，确实会导致结构崩溃。我一般是共轭梯度法将能量最小化后升温到结构熔点的70%，再冷却以获得稳定结构。哪怕是上千万个原子的金属结构，这个过程也不会超过8W步。
一般来说，弛豫过程的时间大概是2*弹性波在结构最长方向的传播时间。
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5楼2012-06-29 17:05:23
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
我想问一下您，DS分部跑的时候如果出现error ：CHARMm does not finish successfully.这个是怎么回事的啊？
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6楼2012-11-03 15:31:15
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851086861

铜虫 (初入文坛)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouzhiguang at 2012-11-03 15:31:15
我想问一下您，DS分部跑的时候如果出现error ：CHARMm does not finish successfully.这个是怎么回事的啊？

请问您解决了吗，我也遇到了同样的问题
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7楼2022-08-13 17:51:05
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