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voleyes银虫 (正式写手)
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【求助】跑完MD后，一般都要分析什么东西？ 已有2人参与
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| 我只知道RMSD，能量, 构象之类的，还有什么是比较重要的 |
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lei0736(金币+8):谢谢 欢迎常来 2010-06-24 10:28:06
lei0736(金币+8):谢谢 欢迎常来 2010-06-24 10:28:06
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以实验为主导，实验上有什么结论，然后实验结论和模拟在什么物理量上有对应，就算是很质朴的分析，如果能验证或者进一步得出有用的结论我觉得都是有意义的。单是为MD而MD，会让人后悔的。 还有绝对能量，RMSD什么的对于做模拟的人觉得挺有意义，对于实验的人没啥概念，他们需要的比较多的是： 1）二级结构的大致比例，分布（CD谱，X衍射，固态NMR） 2）某些集团之间的距离变化(FRET) 3) 构型变化带来的效果，除了直觉性的大的构型开合变化，还有氨基酸的环境变化，最好能由MD结果做pKa静电计算，告诉他们某些pKa近中性的氨基酸(Trp, Tyr, His)特别受影响等等 (Stark 谱， EPR)，及相应pKa值变化带来的自由能改变。 4) 电偶极子相互作用能的弛豫自相关 (飞秒Pump-probe) 5）NPT系综下，分子体积对于压强的相应 （加压体系的光谱） 6) Essential dynamics (Hole-burning，烧孔效应，需要低温模拟) 7) Trp imidazole ring 间orientation factor的相对变化 (UV absorption) 8) free energy barrier estimate and conformation populatio histogram(AFM) 等等。。。向前一步稍微了解一下做实验的人都能得到什么。 [ Last edited by gzgzgz on 2010-6-24 at 03:02 ] |
2楼2010-06-24 01:17:01
voleyes
银虫 (正式写手)
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