应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】跑完MD后，一般都要分析什么东西？
41/1返回列表
查看: 1513  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】跑完MD后，一般都要分析什么东西？ 已有2人参与

我只知道RMSD，能量, 构象之类的，还有什么是比较重要的
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-24 00:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+8):谢谢 欢迎常来 2010-06-24 10:28:06
以实验为主导，实验上有什么结论，然后实验结论和模拟在什么物理量上有对应，就算是很质朴的分析，如果能验证或者进一步得出有用的结论我觉得都是有意义的。单是为MD而MD，会让人后悔的。

还有绝对能量，RMSD什么的对于做模拟的人觉得挺有意义，对于实验的人没啥概念，他们需要的比较多的是：
1）二级结构的大致比例，分布（CD谱，X衍射，固态NMR）
2）某些集团之间的距离变化(FRET)
3)  构型变化带来的效果，除了直觉性的大的构型开合变化，还有氨基酸的环境变化，最好能由MD结果做pKa静电计算，告诉他们某些pKa近中性的氨基酸(Trp, Tyr, His)特别受影响等等 (Stark 谱， EPR)，及相应pKa值变化带来的自由能改变。
4)  电偶极子相互作用能的弛豫自相关 (飞秒Pump-probe)
5）NPT系综下，分子体积对于压强的相应 （加压体系的光谱）
6) Essential dynamics (Hole-burning，烧孔效应，需要低温模拟)
7) Trp imidazole ring 间orientation factor的相对变化 (UV absorption)
8) free energy barrier estimate and  conformation populatio histogram(AFM)
等等。。。向前一步稍微了解一下做实验的人都能得到什么。

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-24 at 03:02 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-24 01:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

voleyes

银虫 (正式写手)
谢谢了
像我就是单为做MD而MD，面对着MD结果却不知道该如何下手
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-24 13:20:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvchababy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-24 01:17:01:
以实验为主导，实验上有什么结论，然后实验结论和模拟在什么物理量上有对应，就算是很质朴的分析，如果能验证或者进一步得出有用的结论我觉得都是有意义的。单是为MD而MD，会让人后悔的。

还有绝对能量，RMSD什 ...

我也是单纯的为了MD而MD，那会有什么问题么？新手上路，请指教
赞一下(1人) 回复此楼
你简单，世界也学着你简单；你开心，人们也学着你开心；你对生活充满希望，老天才会帮你。所以我们要：哈哈哈哈哈哈哈~~~
4楼2011-05-27 19:20:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 voleyes 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 各位大神，目前国内有哪些比较好用的逆合成软件？ 20+3 zapen 2026-09-15 7/350 2026-09-17 16:40 by 北京莱茵编辑
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:27 by ObVzqQQh1rrE
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 5/250 2026-09-17 14:05 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +8 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 8/400 2026-09-17 11:27 by UAIjTRMuUFoj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 4/200 2026-09-17 06:26 by k06BKNblrGRH
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 05:38 by k06BKNblrGRH
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 5/250 2026-09-17 05:14 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:28 by k06BKNblrGRH
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-17 03:52 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:04 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 7/350 2026-09-17 01:52 by Tql5LQhh5rLK
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-17 01:26 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 21:03 by MHf40yA0Uhyb
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 18:37 by rRvxEj3zorCy
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 17:12 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:48 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-16 02:38 by DgNGHc3h5tPl
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭