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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【原创】CASTEP下跑MD大模型时碰到的问题及解决方法
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souledge

专家顾问 (著名写手)

[交流] 【原创】CASTEP下跑MD大模型时碰到的问题及解决方法 已有5人参与

其实，也算不上是很大的问题，不过解决后感觉神清气爽，所以来发个帖，算是提供一种思路。
使用的Materials Studio 5.0，CASTEP模块计算MD。计算目标是Space Group为255的东东，建立了3*3*3的超胞（也就是，216个原子），为了加快速度，只把中心的3*3*3个原子设置为可移动的，其他原子都直接固定住。
固定之后开始MD，然后立刻报错，说无法获取非线性固定原子表。
再试，还是这样。
后来想了一下，横竖看看原子是怎么被固定位置的吧，就翻了一下失败后的cell文件，结果发现，固定原子时是使用了原子的编号的，既比如总共H原子编号共是1到200，那么固定第50号H时就会在表中写上：H 50 XX XX XX，XX是位置。
而程序设计者为了让cell看起来更漂亮，对得更齐，居然在编号大于零的固定列表中，采用了这样的写法：H120 XX XX XX，H与120间没有空格或者Tab制表符~
解决起来也很简单了，只需要在H和120间加个空格，这个世界就清静了。
只不过修改了cell文件后，就不能再用xsd模型直接开始CASTEP计算了，只能在命令行中RunCASTEP.bat了……
顺便说一下计算的结果，由于模型还是比较大，电脑内存不足，于是计算失败……
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思想重于技巧，内涵重于表象
1楼 2011-01-10 21:22:33
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好帖，顶下，谢谢分享哈
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2楼2011-01-10 23:37:35
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astrolia

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2011-01-11 09:40:46
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火柴天堂7909

金虫 (小有名气)
成败取决于细节
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物质的本质是运动，运动的本质是能量
4楼2011-01-11 11:24:28
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
谢谢楼主分享经验。
赞一下 回复此楼
xuexizhe
5楼2011-01-20 19:08:56
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llg1987

金虫 (知名作家)

鱼馆的鲢鱼，其他家族的小罗
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
谢谢分享，请问一下楼主的ms是windows下的吗？
赞一下(1人) 回复此楼
国学养生堂家族欢迎您！http://emuch.net/bbs/group.php?gid=119
6楼2011-04-03 15:26:55
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