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souledge专家顾问 (著名写手)
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【原创】CASTEP下跑MD大模型时碰到的问题及解决方法 已有5人参与
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其实，也算不上是很大的问题，不过解决后感觉神清气爽，所以来发个帖，算是提供一种思路。 使用的Materials Studio 5.0，CASTEP模块计算MD。计算目标是Space Group为255的东东，建立了3*3*3的超胞（也就是，216个原子），为了加快速度，只把中心的3*3*3个原子设置为可移动的，其他原子都直接固定住。 固定之后开始MD，然后立刻报错，说无法获取非线性固定原子表。 再试，还是这样。 后来想了一下，横竖看看原子是怎么被固定位置的吧，就翻了一下失败后的cell文件，结果发现，固定原子时是使用了原子的编号的，既比如总共H原子编号共是1到200，那么固定第50号H时就会在表中写上：H 50 XX XX XX，XX是位置。 而程序设计者为了让cell看起来更漂亮，对得更齐，居然在编号大于零的固定列表中，采用了这样的写法：H120 XX XX XX，H与120间没有空格或者Tab制表符~ 解决起来也很简单了，只需要在H和120间加个空格，这个世界就清静了。 只不过修改了cell文件后，就不能再用xsd模型直接开始CASTEP计算了，只能在命令行中RunCASTEP.bat了…… 顺便说一下计算的结果，由于模型还是比较大，电脑内存不足，于是计算失败…… |
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3楼2011-01-11 09:40:46
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
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4楼2011-01-11 11:24:28
awmc2008
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5楼2011-01-20 19:08:56