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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】跑完MD后，一般都要分析什么东西？
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voleyes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】跑完MD后，一般都要分析什么东西？ 已有2人参与

我只知道RMSD，能量, 构象之类的，还有什么是比较重要的
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1楼 2010-06-24 00:42:53
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voleyes

银虫 (正式写手)
谢谢了
像我就是单为做MD而MD，面对着MD结果却不知道该如何下手
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3楼2010-06-24 13:20:43
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+8):谢谢 欢迎常来 2010-06-24 10:28:06
以实验为主导，实验上有什么结论，然后实验结论和模拟在什么物理量上有对应，就算是很质朴的分析，如果能验证或者进一步得出有用的结论我觉得都是有意义的。单是为MD而MD，会让人后悔的。

还有绝对能量，RMSD什么的对于做模拟的人觉得挺有意义，对于实验的人没啥概念，他们需要的比较多的是：
1）二级结构的大致比例，分布（CD谱，X衍射，固态NMR）
2）某些集团之间的距离变化(FRET)
3)  构型变化带来的效果，除了直觉性的大的构型开合变化，还有氨基酸的环境变化，最好能由MD结果做pKa静电计算，告诉他们某些pKa近中性的氨基酸(Trp, Tyr, His)特别受影响等等 (Stark 谱， EPR)，及相应pKa值变化带来的自由能改变。
4)  电偶极子相互作用能的弛豫自相关 (飞秒Pump-probe)
5）NPT系综下，分子体积对于压强的相应 （加压体系的光谱）
6) Essential dynamics (Hole-burning，烧孔效应，需要低温模拟)
7) Trp imidazole ring 间orientation factor的相对变化 (UV absorption)
8) free energy barrier estimate and  conformation populatio histogram(AFM)
等等。。。向前一步稍微了解一下做实验的人都能得到什么。

[ Last edited by gzgzgz on 2010-6-24 at 03:02 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-24 01:17:01
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lvchababy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by gzgzgz at 2010-06-24 01:17:01:
以实验为主导，实验上有什么结论，然后实验结论和模拟在什么物理量上有对应，就算是很质朴的分析，如果能验证或者进一步得出有用的结论我觉得都是有意义的。单是为MD而MD，会让人后悔的。

还有绝对能量，RMSD什 ...

我也是单纯的为了MD而MD，那会有什么问题么？新手上路，请指教
赞一下(1人) 回复此楼
你简单，世界也学着你简单；你开心，人们也学着你开心；你对生活充满希望，老天才会帮你。所以我们要：哈哈哈哈哈哈哈~~~
4楼2011-05-27 19:20:39
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