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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

[求助] 试剂盒提取细菌DNA后,跑胶检测有条带,但是PCR后却无扩增产物。

如题,土壤筛选的菌,用试剂盒提取DNA后,跑胶检测(如图)有条带,进行16S rDNA PCR扩增,结果却没有。请教一下哪里出了问题?(注:上一批也是这么做的,大部分都跑出来了,不知道为何这次都没出来,条件什么的都一样)
体系是通用的,我用的引物是27f/1492r
扩增条件:94℃    5min
                94℃    45s
                56℃    45s
                72℃    90s
                 32个循环
          72℃    20min
求大神指导,不胜感激。

试剂盒提取DNA后直接跑胶检测结果



PCR产物跑胶结果
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處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
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sk_yb

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WSW_Alone: 金币+4, ★★★很有帮助, 言之有理,考虑加一个之前扩增出来了的菌进行对照。 2012-06-28 11:04:23
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-06-28 15:43:41
WSW_Alone: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 设置阳性对照发现应该是试剂出了点问题,还是我自己做实验不够严谨,多谢多谢。 2012-07-03 20:12:51
这个可能因素非常多。建议设一个正对照,提取单一菌株基因组,用来检测你的pcr体系。要是能出说明是你提取基因组的问题。基因组中可能有抑制pcr的成分。
3楼2012-06-27 20:48:22
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查看全部 11 个回答

necilyx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WSW_Alone: 金币+2, ★★★很有帮助, 之前的引物二聚体也有的,考虑换新试剂。 2012-06-28 11:03:24
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-28 15:43:32
试剂有没有过期,试剂换新的,引物重新稀释,枪头都灭灭菌,之前相同体系没问题的话,看着图貌似有不少二聚体~~感觉像是引物的问题~
聪明才智要为意外做准备~~
2楼2012-06-27 17:10:16
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dakang87

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

补充点:模板做个梯度稀释试一下~
拼了吧
4楼2012-07-02 13:08:44
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

DNA稀释下,看你的DNA的图,稀释100倍也可以进行PCR。
5楼2012-07-03 08:28:29
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