版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

调剂小程序

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 5298.3
散金: 191
红花: 3
帖子: 540
在线: 141.4小时
虫号: 508292
注册: 2008-02-20
性别: GG
专业: 化学信息学

[求助] 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

比如说：用amber进行MD研究。对蛋白使用AMBER FF03 力场 and 对配体使用GAFF 力场。

那如果使用gromacs，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？

那如果使用NAMD，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？

谢谢大家帮助！

» 猜你喜欢

面上可以超过30页吧？已经有13人回复
网上报道青年教师午睡中猝死、熬夜猝死的越来越多，主要哪些原因引起的？已经有10人回复
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？已经有13人回复
什么是人一生最重要的？已经有8人回复
版面费该交吗已经有17人回复
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低已经有19人回复
【博士招生】太原理工大学2026化工博士已经有8人回复
280求调剂已经有4人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

RNA条带总是有杂带已经有5人回复
烟密度测试已经有19人回复
简并引物需要加保护碱基吗已经有7人回复
请教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加两个配体吗？可加水箱进行对接吗？已经有7人回复
用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已经有6人回复
求助：蛋白质对接分子动力学已经有10人回复
蛋白分子建模小分子化合物画图酶与配体的分子模拟已经有11人回复
Autodock只能进行受体与配体1:1的对接吗急急急已经有4人回复
适配体aptamer与蛋白结合以及与互补链结合作用力哪个比较大呢？已经有14人回复
配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？已经有8人回复
分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做已经有14人回复
做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？已经有5人回复

1楼 2012-06-20 08:10:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

mumun

新虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 1036.2
散金: 270
帖子: 155
在线: 50.5小时
虫号: 1439449
注册: 2011-10-12

楼主，这三个软件都可以进行MD模拟的吧。掌握其中一个就可以了吧，如果您知道各有什么特点，我倒是愿意洗耳恭听。

3楼2012-06-20 23:12:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)

模拟EPI: 1
应助: 46 (小学生)
金币: 5.9
散金: 100
红花: 3
帖子: 483
在线: 158.3小时
虫号: 576460
注册: 2008-06-20
专业: 药物化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bbslover: 金币+5, ★有帮助, 多谢帮忙！ 2012-06-20 12:25:37
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:48

GMX 和NAMD都可以使用Amber力场，但GMX里面推荐使用其自身的力场gromacs力场。

2楼2012-06-20 09:46:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答