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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？
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bbslover

金虫 (正式写手)

[求助] 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

比如说：用amber进行MD研究。 对蛋白使用AMBER FF03 力场  and 对配体使用GAFF 力场。

那如果使用gromacs，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？


那如果使用NAMD，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？

谢谢大家帮助！
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1楼2012-06-20 08:10:10
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mumun

新虫 (小有名气)
楼主，这三个软件都可以进行MD模拟的吧。掌握其中一个就可以了吧，如果您知道各有什么特点，我倒是愿意洗耳恭听。
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3楼2012-06-20 23:12:36
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bbslover: 金币+5, ★有帮助, 多谢帮忙！ 2012-06-20 12:25:37
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:48
GMX 和NAMD都可以使用Amber力场，但GMX里面推荐使用其自身的力场gromacs力场。
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-20 09:46:32
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