24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1457  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

[求助] 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场?

小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场?

比如说:用amber进行MD研究。 对蛋白使用AMBER FF03 力场  and 对配体使用GAFF 力场。

那如果使用gromacs,对蛋白和配体分别使用什么力场呢?


那如果使用NAMD,对蛋白和配体分别使用什么力场呢?

谢谢大家帮助!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mumun

新虫 (小有名气)

楼主,这三个软件都可以进行MD模拟的吧。掌握其中一个就可以了吧,如果您知道各有什么特点,我倒是愿意洗耳恭听。
3楼2012-06-20 23:12:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
bbslover: 金币+5, 有帮助, 多谢帮忙! 2012-06-20 12:25:37
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:48
GMX 和NAMD都可以使用Amber力场,但GMX里面推荐使用其自身的力场gromacs力场。
2楼2012-06-20 09:46:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +9 Lyy930824@ 2026-03-29 9/450 2026-04-04 11:38 by qoooooo614
[考研] 0703求调剂383分 +4 W55j 2026-04-03 4/200 2026-04-04 09:53 by 唐沐儿
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 11408,335分,本科211,求调剂,可转专业 +3 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:18 by zhq0425
[考研] 266求调剂 +18 阳阳哇塞 2026-04-01 18/900 2026-04-03 18:38 by zllcz
[考研] 考研调剂 +8 不爱喝饮料 2026-04-03 8/400 2026-04-03 16:40 by Mistake-J
[考研] 085501一志愿天工大,机械专硕求调剂,跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 专硕085601求调剂 +7 suyifei 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:00 by 欣喜777
[考研] 294求调剂 +3 Grey_Ey 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:34 by swb0218
[考研] 298求调剂 +4 zzz,,r 2026-04-02 7/350 2026-04-02 18:57 by 1939136013狗壮
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
[考研] 321求调剂 一志愿 浙江工业大学生物医药 +5 嘿嘿HC 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:23 by sophie2180
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:52 by yulian1987
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 291求调剂 +3 迷蒙木木 2026-04-01 4/200 2026-04-01 11:07 by 逆水乘风
[考研] 288资源与环境专硕求调剂,不限专业,有学上就行 +25 lllllos 2026-03-30 26/1300 2026-04-01 09:52 by 一只好果子?
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 麦恩莉. 2026-03-30 4/200 2026-03-31 14:35 by 记事本2026
信息提示
请填处理意见