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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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bbslover

金虫 (正式写手)

[求助] 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场?

小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场?

比如说:用amber进行MD研究。 对蛋白使用AMBER FF03 力场  and 对配体使用GAFF 力场。

那如果使用gromacs,对蛋白和配体分别使用什么力场呢?


那如果使用NAMD,对蛋白和配体分别使用什么力场呢?

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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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bbslover: 金币+5, 有帮助, 多谢帮忙! 2012-06-20 12:25:37
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:48
GMX 和NAMD都可以使用Amber力场,但GMX里面推荐使用其自身的力场gromacs力场。
2楼2012-06-20 09:46:32
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mumun

新虫 (小有名气)

楼主,这三个软件都可以进行MD模拟的吧。掌握其中一个就可以了吧,如果您知道各有什么特点,我倒是愿意洗耳恭听。
3楼2012-06-20 23:12:36
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