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bbslover

金虫 (正式写手)

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[求助] 小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

小分子药物与靶标蛋白对接后-进行MD模拟-一般对配体和受体使用什么力场？

比如说：用amber进行MD研究。对蛋白使用AMBER FF03 力场 and 对配体使用GAFF 力场。

那如果使用gromacs，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？

那如果使用NAMD，对蛋白和配体分别使用什么力场呢？

谢谢大家帮助！

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1楼 2012-06-20 08:10:10

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caixin5120

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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bbslover: 金币+5, ★有帮助, 多谢帮忙！ 2012-06-20 12:25:37
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-20 14:10:48

GMX 和NAMD都可以使用Amber力场，但GMX里面推荐使用其自身的力场gromacs力场。

2楼2012-06-20 09:46:32

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mumun

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楼主，这三个软件都可以进行MD模拟的吧。掌握其中一个就可以了吧，如果您知道各有什么特点，我倒是愿意洗耳恭听。

3楼2012-06-20 23:12:36

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