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分子结构

金虫 (小有名气)

[求助] 关于系统发育树,真搞不懂了

这是我建立的系统发育树,标尺是0.05.如图所示,其中HL(目的菌株)与GE和PS是最接近的,就图所示,HL与GE、PS哪一个更接近一些?(GE和PS是平行的。)
      补充:GE和PS一个是有性型一个是无性型,所以直接影响我菌株的判断,按照形态结构来说,我的目的菌株应该是GE,但是建立的系统发育树是这样的。
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416114799

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你先不要把Ge加进去,只有ps和其他的,进行clustalX同源性分析,然后Mega,看看HL与ps的同源可行度,然后再用ge与其他的根HL比,看看其可信度。这个数字只表示可信度,现在只能看出HL与GE和ps的上一级祖先的可信度为86%,ps和Ge的同源可行度为76%,因此只要随便去掉一个,HL与ps或者hl与ge的关系就一目了然了。
做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
2楼2012-06-14 09:49:37
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含笑天天

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以先通过blast确定你这个菌株的种,做树的话在核糖体数据库里面选择代表性菌株的16S,不要在ncbi上选择那些非代表性菌株,代表性菌株选择好做树,根据可信度来调整做树序列。
虫虫虫虫
3楼2012-06-14 10:17:25
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