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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于发育树
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none1987

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于发育树 已有6人参与

我现在分离了一个未知菌种，要做个系统发育树，我看到网上很多拼接方法，
但想问一下的是，在ncbi里对比了，出来很多同源性很高的菌种，很多都是99%我该怎么选 出用来拼树的菌呢？
选出来之后下载序列，然后用bioedit可以做的吧？
我第一次做微生物，很菜呐！！！
谢~~~~
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再懒惰散漫下去，乃的下场就是自挂东南枝~~~
1楼 2010-12-22 20:02:47
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
帮顶了
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小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-22 23:15:08
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
楼主做的16SRNA，还是全序列测序比较？
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3楼2010-12-23 03:39:42
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none1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 03:39:42:
楼主做的16SRNA，还是全序列测序比较？

是16srna,有没有什么建议呐？？急呀
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再懒惰散漫下去，乃的下场就是自挂东南枝~~~
4楼2010-12-23 18:21:36
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 09:33:23
引用回帖:
Originally posted by none1987 at 2010-12-23 18:21:36:

是16srna,有没有什么建议呐？？急呀

有个软件，叫clustalx1.81，可以做序列比对并同时做出系统发生树，不知楼主是否用过？
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-23 19:53:43
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
不好意思，才看见，希望对你能有帮助
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6楼2010-12-23 19:54:49
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songxc123

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我Bootstrap后的支持率太低了。只有12,10,7。是不是我这个系统树构建的不好啊？
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7楼2010-12-23 21:02:47
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
megAlign
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
8楼2010-12-23 21:06:11
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shawcat

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
进化树很多都用mega4的吧~~~
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9楼2010-12-24 08:32:29
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none1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 19:53:43:


有个软件，叫clustalx1.81，可以做序列比对并同时做出系统发生树，不知楼主是否用过？

呃……我主要是想知道在ncbi里对比了之后，出来很多同源性很高的菌种，很多都是99%，我该怎么选 出用来拼树的菌呢？

我主要是想问怎么选择，大家给点实践的经验吧
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再懒惰散漫下去，乃的下场就是自挂东南枝~~~
10楼2010-12-24 23:08:28
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