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none1987

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于发育树 已有6人参与

我现在分离了一个未知菌种,要做个系统发育树,我看到网上很多拼接方法,
但想问一下的是,在ncbi里对比了,出来很多同源性很高的菌种,很多都是99%我该怎么选 出用来拼树的菌呢?
选出来之后下载序列,然后用bioedit可以做的吧?
我第一次做微生物,很菜呐!!!
谢~~~~
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再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

帮顶了
小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-22 23:15:08
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rioarsenal

金虫 (正式写手)

楼主做的16SRNA,还是全序列测序比较?
3楼2010-12-23 03:39:42
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none1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 03:39:42:
楼主做的16SRNA,还是全序列测序比较?

是16srna,有没有什么建议呐??急呀
再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
4楼2010-12-23 18:21:36
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rioarsenal

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 09:33:23
引用回帖:
Originally posted by none1987 at 2010-12-23 18:21:36:

是16srna,有没有什么建议呐??急呀

有个软件,叫clustalx1.81,可以做序列比对并同时做出系统发生树,不知楼主是否用过?
5楼2010-12-23 19:53:43
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rioarsenal

金虫 (正式写手)

不好意思,才看见,希望对你能有帮助
6楼2010-12-23 19:54:49
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songxc123

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我Bootstrap后的支持率太低了。只有12,10,7。是不是我这个系统树构建的不好啊?
7楼2010-12-23 21:02:47
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)

megAlign
不知道什么是生活了,也不知道生活是什么了
8楼2010-12-23 21:06:11
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shawcat

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
进化树很多都用mega4的吧~~~
9楼2010-12-24 08:32:29
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none1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 19:53:43:


有个软件,叫clustalx1.81,可以做序列比对并同时做出系统发生树,不知楼主是否用过?

呃……我主要是想知道在ncbi里对比了之后,出来很多同源性很高的菌种,很多都是99%,我该怎么选 出用来拼树的菌呢?

我主要是想问怎么选择,大家给点实践的经验吧
再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
10楼2010-12-24 23:08:28
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