24小时热门版块排行榜    

查看: 1258  |  回复: 11

none1987

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于发育树 已有6人参与

我现在分离了一个未知菌种,要做个系统发育树,我看到网上很多拼接方法,
但想问一下的是,在ncbi里对比了,出来很多同源性很高的菌种,很多都是99%我该怎么选 出用来拼树的菌呢?
选出来之后下载序列,然后用bioedit可以做的吧?
我第一次做微生物,很菜呐!!!
谢~~~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

小木虫之有关部门负责人
2楼2010-12-22 23:15:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rioarsenal

金虫 (正式写手)

楼主做的16SRNA,还是全序列测序比较?
3楼2010-12-23 03:39:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

none1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 03:39:42:
楼主做的16SRNA,还是全序列测序比较?

是16srna,有没有什么建议呐??急呀
再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
4楼2010-12-23 18:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rioarsenal

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 09:33:23
引用回帖:
Originally posted by none1987 at 2010-12-23 18:21:36:

是16srna,有没有什么建议呐??急呀

有个软件,叫clustalx1.81,可以做序列比对并同时做出系统发生树,不知楼主是否用过?
5楼2010-12-23 19:53:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rioarsenal

金虫 (正式写手)

不好意思,才看见,希望对你能有帮助
6楼2010-12-23 19:54:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

songxc123

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我Bootstrap后的支持率太低了。只有12,10,7。是不是我这个系统树构建的不好啊?
7楼2010-12-23 21:02:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)

megAlign
不知道什么是生活了,也不知道生活是什么了
8楼2010-12-23 21:06:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shawcat

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
进化树很多都用mega4的吧~~~
9楼2010-12-24 08:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

none1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 19:53:43:


有个软件,叫clustalx1.81,可以做序列比对并同时做出系统发生树,不知楼主是否用过?

呃……我主要是想知道在ncbi里对比了之后,出来很多同源性很高的菌种,很多都是99%,我该怎么选 出用来拼树的菌呢?

我主要是想问怎么选择,大家给点实践的经验吧
再懒惰散漫下去,乃的下场就是自挂东南枝~~~
10楼2010-12-24 23:08:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 none1987 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +19 koalala 2026-08-24 21/1050 2026-08-24 16:48 by Wei_ren
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +3 图啦图啦 2026-08-24 3/150 2026-08-24 16:43 by GZUZM
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +4 scalable 2026-08-24 4/200 2026-08-24 16:22 by truewz
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 18/900 2026-08-24 12:03 by iaeyuan
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见